OBJETIVO: Estimar a ancestralidade genômica e sua a associação com a etnia autodeclarada em amostras de mulheres com diagnóstico de incontinência urinária (IU). METODOLOGIA: Participaram 145 mulheres, sendo 52 casos diagnosticados pela avaliação urodinâmica e 93 controles, com idade entre 45 e 60 anos. Foram utilizados seis marcadores de ancestralidade genômica (AIMs) (RB2300, LPL, AT3-I/D, Sb19.3 e APO) com valores de diferencial de frequência δ > 40% entre africanos e europeus ou ameríndios. As frequências alélicas foram analisadas pelo programa GENEPOP e as proporções de ancestralidade genômica através do programa ADMIX 3. RESULTADOS: A prevalência da etnia autodeclarada parda (69,2%) não representou um fator de risco para IU (p = 0,446) e OR = 0,446 (0,322-1,647). Porém a estimativa de ancestralidade genômica avaliada por AIMs revelou maior contribuição da ancestralidade europeia (66% e 68%), seguida da africana (24% e 22%) e ameríndia (10%), entre as amostras casos e controles. A análise da etnia autodeclarada comparada com a ancestralidade genômica mostrou discordância, 20% das mulheres com IU se declararam brancas, já 80% pardas e pretas, porém a estimativa de ancestralidade genômica demonstrou que as contribuições europeia, africana e ameríndia foram de 66%, 24% e 34%, respectivamente. CONCLUSÃO: A diferença encontrada entre a ancestralidade genômica obtida utilizando os AIMs e a verificada pela etnia autodeclarada indicam a importância de avaliar o grau de mistura étnica em amostras miscigenadas, a fim de evitar vieses de associação à determinada doença, pois as amostras casos e controles podem diferir significativamente em relação à ancestralidade genômica.