Objetivo: Investigar a prevalência de ansiedade e depressão e fatores associados em estudantes de nível superior. Método: Estudo transversal, conduzido durante ensino remoto, ano letivo 2020, em meio a pandemia pelo coronavírus, aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa, realizado em Instituição de Ensino Superior, em Aracaju, Sergipe, Brasil, que incluiu 453 estudantes dos cursos de Enfermagem, Nutrição, Fisioterapia, Educação Física, Arquitetura e Direito. Os participantes virtualmente acessaram o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido, questionário sociodemográfico e Inventários de Ansiedade e Depressão de Beck. A análise foi realizada de forma descritiva e inferencial, aplicados o teste Qui-quadrado e Exato de Fisher, calculadas a razão de prevalência e o nível de significância foi 5%. Resultados: A prevalência de ansiedade e depressão foi respectivamente, 58,28% e 58,50%. Os fatores associados à ansiedade foram curso (p=0,000), faixa etária (p=0,000), sexo (p=0,005), vínculo empregatício (p=0,001), ter filho (p=0,042) e insônia (p=0,000) e os associados à depressão foram curso (p=0,023) e ter insônia (p=0,000). Conclusão: A partir dos dados analisados, concluiu-se que as variáveis curso e ter insônia foram associados à ansiedade e depressão. A ansiedade obteve menor prevalência nos alunos de Educação Física e a depressão ocorreu em maior número neste grupo.