A realização de teste de sanidade em sementes antes do plantio pode evitar a introdução de fitopatógenos em áreas isentas, fornece informações para produtores, programas de certificação, serviços de vigilância vegetal, tratamento de sementes e melhoramento de plantas. Objetivou-se com esse trabalho avaliar a qualidade sanitária e fisiológica de sementes de algodoeiro oriundas de diferentes áreas produtoras da Paraíba. Foram utilizadas sementes de diferentes cultivares de algodoeiro com o seu respectivo município produtor: Rubi (Juarez Távora; PB), Topázio (Juarez Távora; PB), Topázio (Remígio; PB), Aroeira (Remígio; PB), BRS 286 (Alagoinha; PB) e sementes de algodoeiro Mocó (Casserengue; PB, Sumé; PB, Quixaba; PB, São Mamede; PB e Remígio; PB). A detecção dos fungos nas sementes foi através incubação das mesmas em substrato de papel filtro “blotter test”. Para a qualidade fisiológica, avaliou-se a germinação, primeira contagem de germinação, índice de velocidade de germinação, comprimento da parte aérea e raiz, massa seca da parte aérea e raiz. Foram identificados 25 gêneros fúngicos associados às sementes de algodoeiro: Alternaria sp., Aspergillus spp., A. flavus, A. niger, Botryodiplodia sp., Botrytis sp., Cercospora sp., Chaetomium sp., Cladosporium sp., Colletotrichum sp., Curvularia sp., Fusarium sp., Helmithosporium sp., Monilia sp., Neorospora crassa, Nigrospora sp., Penicillium spp., Periconia sp., Phoma sp., Pytomices sp., Rhizoctonia sp., Rhizopus sp., Sclerotinia sp., Trichoderma sp. e Verticillium sp. As sementes da cultivar BRS 286 demonstraram melhor qualidade sanitária e fisiológica. As sementes dos lotes de algodoeiro Mocó oriundos de Sumé e São Mamede apresentaram maior incidência de fungos e menor qualidade fisiológica.