O estudo objetivou caracterizar o desempenho motor grosso e as oportunidades de estimulação motora presentes no ambiente domiciliar de lactentes com microcefalia por Zika vírus (ZIKV), comparando-os com lactentes sem microcefalia de instituições públicas de saúde do Nordeste do Brasil, além de verificar o impacto da microcefalia e fatores associados nos desfechos avaliados. Estudo caso-controle que foram utilizados dados de nascimento dos lactentes, gestacionais e sociodemográficos maternos, e dos testes: Gross Motor Function Measure (GMFM), Affordances in the Home Environment for Motor Development (AHEMD), e Sistema de Classificação da Função Motora Grossa (GMFCS). Para analisar o impacto da microcefalia nos testes associada a fatores sociodemográficos ou clínicos utilizou-se a regressão linear múltipla. Participaram 40 lactentes com microcefalia por ZIKV, com média de idade de 15,3 (3,1) meses; e 40 lactentes sem acometimento, com média de idade de 14,8 (4,4) meses. 85% dos lactentes com microcefalia por ZIKV classificou no nível V do GMFCS. Diferenças significativas (p<0,001) foram evidenciadas para todas as dimensões do GMFM, para variedade de estimulação, brinquedo motricidade fina e pontuação total do AHEMD, com valores sempre menores nos lactentes com microcefalia por ZIKV. Microcefalia associada a variáveis dos lactentes, maternas e da residência são fatores que podem explicar a pontuação no GMFM (p<0,001). Os resultados reforçam a necessidade de uma assistência integral, centrada na família, uma vez que a resolutividade dos impactos do ZIKV sobre o desenvolvimento motor e o cuidado prestado pelas famílias é uma questão de saúde pública importante.