Cryptococcus neoformans é o agente etiológico da criptococose, uma infecção fúngica oportunista e ocorre frequentemente em pacientes imunodeprimidos, com uma doença de base, afetando principalmente o sistema nervoso central e os pulmões. Análises de sequências genômicas de microrganismos por meio de filogenias têm demonstrado um amplo espectro de aplicações na pesquisa científica e na medicina. Na área da saúde, a utilização desta ferramenta auxilia no diagnóstico e consequentemente na elaboração de programas para melhor tratamento e controle das doenças. Ainda, a análise filogenética é importante para caracterizar novas espécies que possam vir a sofrer possíveis recombinações genéticas, que na grande maioria das vezes é responsável pela resistência de patógenos frente ao tratamento. Desta forma, o presente estudo teve como objetivo analisar a variabilidade genética dos genes 18S e 28S de C. neoformans em diferentes regiões geográficas. Foram selecionadas 191 sequências gênicas do gene 18S e 132 sequências gênicas do gene 28S para realização das análises filogenéticas e Split. Os resultados demonstraram que o gene 28S tem uma maior variabilidade genética se comparado ao gene 18S que se mostrou mais conservado. Essa variabilidade pode ser resultante de recombinações genéticas e migrações de cepas diferentes de uma região geográfica para outra, como por exemplo, através do turismo de indivíduos portadores do fungo. Além disso, a recombinação genética pode resultar futuramente em uma nova espécie com capacidade de causar doenças no homem.