Objetivo: Analisar a frequência de micronúcleos em células da mucosa oral de pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC), submetidos a um programa de reabilitação pulmonar (PRP). Metodologia: Estudo quase experimental, quantitativo, prospectivo, não controlado, no qual sete participantes com diagnóstico clínico e espirométrico de DPOC, foram submetidos a 20 sessões de um PRP, realizado em 7 semanas contínuas. Para classificar o estágio da doença, realizou-se o exame de espirometria antes de iniciar o protocolo. Para a quantificação de micronúcleos, antes e após o PRP foi realizado o teste de micronúcleo na mucosa oral. Para analisar os dados coletados, aplicou-se o teste de Shapiro Wilk para verificar a normalidade das variáveis e o teste Wilcoxon para comparação antes e depois, adotando-se um nível de significância p≤0,05. Resultados: Observou-se redução significativa (p=0,043) na frequência de micronúcleos em células epiteliais da mucosa oral após a aplicação do PRP. Conclusão: A diminuição da frequência de micronúcleos no pós-tratamento permite sugerir que os participantes obtiveram diminuição dos danos no DNA quando submetidos ao PRP, no entanto, ensaios controlados e randomizados devem ser realizados para elucidar os efeitos do treinamento físico sobre o caráter genético de pacientes com DPOC.