Lagoas temporárias são ambientes efêmeros pouco estudados. O objetivo deste trabalho foi inventariar a comunidade de amebas testáceas encontradas em dois biótopos (plâncton e perifíton) de um corpo aquático temporário contaminado por dejetos orgânicos. As coletas foram realizadas entre junho e setembro de 2018 na Fazenda Periperi, Vitória da Conquista, Bahia. Foram coletadas 51 amostras planctônicas e 12 perifíticas. As análises físico-químicas foram realizadas in situ e as bacteriológicas em laboratório através do kit Colilert®. A água deste ambiente é alcalina, com elevados valores de temperatura, sólidos totais dissolvidos e condutividade elétrica. Apresentou baixos teores de oxigênio dissolvido e transparência, refletindo a elevada biomassa fitoplanctônica presente. Os valores de coliformes totais e termotolerantes demonstraram contaminação fecal na água. Foram registrados 32 taxa de amebas testáceas distribuídos em 11 gêneros e oito famílias. A maior riqueza foi registrada no plâncton (23 taxa), seguido de Pistia sp. e Salvinia sp. (18 taxa cada). As famílias encontradas no plâncton foram Difflugiidae, Arcellidae, Centropyxidae, Cryptodifflugiidae, Netzeliidae e Trigonopyxidae, e nas macrófitas foram Difflugiidae, Lesquereusiidae, Netzeliidae e Euglyphidae. Seis espécies constituem primeiras ocorrências para o estado da Bahia: Arcella costata, Ciclopyxis arcelloides, Difflugia dragana, D. gigantea, D. kabylica e D. helvetica. Com o desaparecimento das macrófitas, houve intercambio espacial das espécies Centropyxis hirsuta, D. kabylica e Pentagonia maroccana para o plâncton, evidenciando a plasticidade destes organismos em ocupar ambientes eutrofizados, instáveis e sazonais, tolerando contaminação fecal.