Mimosa caesalpiniifolia Benth. (Fabaceae) é uma árvore nativa da região semiárida do Nordeste do Brasil que apresenta potencial econômico crescente para exploração de produtos florestais madeireiros e não-madeireiros. A presença de acúleos agressivos na maioria destas plantas dificulta o manejo dos povoamentos, mas existem exemplares sem acúleos que podem ser utilizados para contornar este inconveniente. Assim, objetivou-se determinar a frequência fenotípica do caráter ausência/presença de acúleos em progênies de polinização livre de uma população cultivada de M. caesalpiniifolia e acessar a diversidade genética de indivíduos do fenótipo sem acúleos desta população. A diversidade genética foi acessada usando marcadores moleculares Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) e a fenotipagem quanto à presença/ausência de acúleos foi determinada em indivíduos jovens de nove progênies de polinização livre provenientes de três árvores do fenótipo com acúleos e seis árvores do fenótipo sem acúleos. Calculou-se o índice de Shannon (I), diversidade genética de Nei (He), porcentagem de bandas polimórficas (P) e identidade genética de Nei. A ausência de acúleos (77%) foi superior a presença de acúleos (23%). A predominância do fenótipo ausência de acúleos e os índices moderados de diversidade genética (P = 64%; He = 0,208 e I = 0,315) entre os indivíduos com este fenótipo podem ser decorrentes do efeito da seleção artificial para o fenótipo ausência de acúleos da população fonte.