Os processos físicos vem sendo cada vez mais utilizados em substituição aos processos que utilizam agentes químicos para tratamento de grãos. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo avaliar grãos de trigo que foram submetidos ao processamento por micro-ondas nas características morfológicas dos grãos de trigo tratados, farinhas de trigo e seus respectivos glútens, através das análises de cor instrumental, microscopia óptica (MO) e microscopia eletrônica de varredura (MEV). Os resultados mostraram alterações significativas, para o teste de comparação entre as médias Scott-Knott (p≤0,05), para os trigos tratados por micro-ondas provenientes dos tratamentos à 100 W/54 min (TM 1), 450 W/18 min (TM 2) e 750 W/10 min (TM 3), obtendo valores maiores e diferentes estatisticamente, nas regiões amarela (+b*) e vermelha (+a*), quando comparados com os mesmos parâmetros para o trigo controle (TC). As diferenças totais de cor encontradas (ΔE) entre os trigos tratados por micro-ondas e o trigo controle, que ficaram situados na faixa de 8,94 à 14,83, cujas diferenças totais de cor em relação aos trigos controle podem ser classificadas como muito perceptíveis e possíveis de serem diferenciadas visualmente. Nas farinhas de trigo analisadas provenientes dos tratamentos por micro-ondas à 100 W/54 min (FM 1), 450 W/18 min (FM 2) e 750 W/10 min (FM 3) para o parâmetro de luminosidade (L*) de cor instrumental, sendo menores que a luminosidade da farinha de trigo controle (FC). Através da avaliação da morfologia pelas microscopias ópticas e eletrônica de varredura foi possível identificar as alterações provocadas pelo processamento por micro-ondas nas estruturas do trigo em grão, na farinha de trigo e se torna mais evidente na matriz proteica dos glútens liofilizados, que apresenta danos mais expressivos nos glútens provenientes dos trigos tratados a 450 W/18 min (GM 2) e 750 W/10 min (GM 3). Assim, podemos concluir que a avaliação da morfologia nos materiais estudados fornece ferramentas importantes e que complementam as determinações clássicas das análises físicas, físico-químicas e reológicas.