Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

O'Toole, Á.; Zakotnik, S.; Zorec, Tomaž Mark; de Marco, G.; Posada-Céspedes, S.; Topolsky, I.; Poljak, M.; Stene-Johansen, K.; Reusken, C.; Vennema, H.; Ruiz-Roldán, L.; Torres-Puente, M.; Ruíz-Hueso, P.; Ruiz-Rodriguez, Paula; Polackova, K.; Richter, J.; Tryfonos, C.; Stefani, F.; Rimoldi, S. G.; Yadahalli, S.; Romeri, F.; Salerno, F.; Polesello, S.; Zaheri, M.; Vecerova, J.; van der Werf, S.; Schär, T.; Vugrek, O.; Rokić, F.; Trgovec-Greif, L.; Wienecke-Baldacchino, A. K.; Rukavina, T.; Sučić, N.; Schønning, K.; Sørensen, E. A.; Sørensen, T.; Pereyaslov, Dmitriy; Skov, M. N.; Rasmussen, M.; Petersen, C.; Pyankov, O.; Pedersen,; Tregubchak, T.; Shvalov, A. N.; Resende, P. C.; Zajac, M.; Russell, C. A.; Schmutz, S.; Perrin, A.; Trkola, A.; Walter, M. C.; Ra, Neher; Ustinova, M.; Rovite,; Zuckerman, N. S.; Savicka, O.; Ragimbeau, C.; Sláviková, M.; Staroňová, E.; Tichá, E.; Szemes, T.; Rusňáková, D.; Stadler, T.; Quer, J.; Meijer, A.; Pumarola, T.; Piñana, María; Connor, Thomas; Martínez-Priego, L.; Wienemann, T.; Maurer Stroh, Sebastian; Papa, A.; Pappa, S.; Vapalahti, O.; Smura, T.; Hodcroft, Emma B.; Sironen, T.; Selhorst, P.; Yetiskin, H.; Jablonski, K. P.; Simon-Loriere, E.; Ferreira, P. F.; Rabalski, L.; Korva, M.; Melidou, Angeliki; Nagy, A.; Novakova, L.; Hungnes, O.; Vieira, L.; Murtskhvaladze, M.; Pyrc, K.; von Kleist, M.; Turdikulova, S.; García-González, N.; López, M. G.; Wolff, T.; Chiner-Oms, Á.; Tagliabracci, A.; Comas, I.; Pechirra, P.; Komissarov, Andrey B.; Goig, G. A.; Michaelsen, T. Y.; Zaballos, Á.; Turchi, C.; D'Auria, G.; Who, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group*; Neher, Richard A.; Ferrús-Abad, L.; de la Plaza, I. C.; Popa, Alexandra Mariela; Galan-Vendrell, I.; Coscollá, M.; da Silva Filipe, A.; Onofri,; Smyth, M.; Kramna, L.; Schuster, M.; Cinek, O.; Senekowitsch, M.; Krashias, G.; Shevtsov, A.; Koptides, D.; Ramanculov, Y.; Yeats, C.; Christodoulou, C.; Penz, T.; Gruber, C. E.; Di Caro, A.; Vidanovic, D.; Tesovic, B.; Jirincova, H.; Volkening, J.; Mossong, J.; Cordey, S.; Wyles, M.; Rupnik, M.; Kotaria, N.; Walker, A.; Yakovleva, A.; Vasconcelos, M. K.; Jurak, I.; Strelow, D.; Senff, T.; Karst, S. M.; Williams, R.; Kirkegaard, R. H.; Knutson, S.; Maksyutov, R. A.; Timm, J.; Le-Quy,; Metallidis, S.; Larsen, S. L.; Pfeffer, K.; Uygut,; Williams, T. C.; Fonager, J.; Ozdarendeli, A.; Shchetinin, A.; Fomsgaard, A.; Pavel, S. T. I.; Novotný, A.; Gavrilova, E.; Wawina-Bokalanga, T.; Vanmechelen, B.; Goya, S.; Wittner, A.; Thürmer, A.; Lee, R. T.; Wedde, M.; Pancer, K.; Han, A. X.; Kufner,; Huber, M.; Young, G. R.; Yew, W. C.; Melchionda, F.; Gambaro, F.; Lindsjö, O. K.; Who, European Region sequencing laboratories; Enouf,; Menzo, S.; Donati, F.; Sergeeva, M.; Stefanelli, P.; Ličková, M.; Klovins, J.; Turtle, L.; Fournier, G.; Haukland, M.; Enkirch, T.; Spellman, K.; Karlberg, M. L.; Southgate, J. A.; Muenchhoff, M.; Moore, N.; Underwood, A.; Taylor, B.; Klempa, B.; Rainbow, L.; Whitehead, M.; Macek, M.; de Oliveira Martins, L.; Garcia-Cehic, D.; Yasir, M.; Izopet, J.; Gioula, G.; Tucker, R.; Exindari, M.; Paterson, S.; Chatzidimitriou, D.; Geryk, J.; Moore, C.; Hubáček, P.; Dřevínek, P.; Kvapil, P.; Holub, M.; Kvapilová, K.; Wright,; Quick, J.; Kašný, M.; Walsh, S.; Klempt, P.; Sloan, T.; Martí-Carreras, Joan; Shepherd, J. G.; Michel, J.; Alm, Erik; Isidro, J.; Nitsche, A.; Broberg, Eeva K.; Gomes, J. P.; Thomson, E.; Williams, R. J.; Guiomar, R.; Shah, R.; Williams, C. A.; Costa, I.; Robertson, D. L.; Duarte, S.; Smollett, K.; Beerenwinkel, N.; Dalimova, D.; Tong, L.; Parr, Y. A.; McCluggage, K.; Avšič-Županc, T.; Price,; Bragstad, K.; Phillips, N.; Di Sante, L.; Sethi, D. K.; Genger, J.-W.; Cancino-Muñoz, I.; Potter, W.; Stanley, R.; Lercher, A.; Payne, B.; Bracho,; Prakash, R.; Endler, L.; Nelson, C. A.; de Cesare, M.; Marcello, A.; Smith, D.; Laine, J.; Carbó-Ramirez, S.; Todd, J. A.; Trebes, A.; Kalendar, R.; Mancini, N.; Graf, A.; Mahnic, A.; Watkins, J.; Keppler, O. T.; Krebs, S.; Meredith, L. W.; Rey, S.; Bashiardes, S.; Castilletti, C.; D'Agaro, P.; Laubscher, F.; Bartolini, B.; Workman, T.; Clementi, N.; Platt, S.; McCrone, J. T.; Licastro, Danilo; Houwaart, T.; Perry, M.; Jensen, B.-E. O.; Yazici, M. K.; Beisel, C.; Pacchiarini, N.; Hülse, L.; Rudder, S. J.; Trotter, A. J.; Hauka, S.; Feldt, T.; Nomikou, K.; Keitel,; Kindgen-Milles, D.; Niebel, M.; Maes, P.; Brandt, J.; Thomson, N. M.; Dilthey, A. T.; Miah, S.; Page, A. J.; Zana, B.; Viet, T. L.; Zeghbib, S.; Tedim, Ana P.; Holyavkin, C.; Mookerjee, S.; Bodnev, S. A.; Sang, F.; Gushchin,; Antonets, D.; Dinler-Doganay, G.; Nelson, A.; Patrick Mcclure, C.; Doganay, L.; Kizilboga-Akgun, T.; Karacan, I.; Tsoleridis, T.; Smith, W.; Antwerpen, M.; Dürrwald, R.; Behillil, S.; Drechsel, O.; Fuchs, S.; Kmiecinski, R.; Ek, Broberg; Mohamed, H.; Parker, M.; Rooke, S.; Maksimovic, J.; Mbisa, J. L.; Partridge, D. G.; Aberle, S. W.; Marchbank, A.; Tutill, H. J.; Jiménez, P.; Jiménez, M.; Advani, A.; Fernández, S. M.; Morgan, M.; Fernández, S.; Broddesson, S.; Fadeev, A.; Roy, S.; Ivanova, A.; Mather, A. E.; Stockton, J.; Lucaci, A.; Poplawski, R.; Estee Torok, M.; Panchbhaya, Y.; Anton, A.; Hall, G.; Rowe, W. P. M.; Andres, C.; Brož, P.; O'Grady, J.; Pandey, S.; Pinckert, M. L.; Ledesma, J.; Rambaut, A.; Hamilton, W. L.; Briksí, A.; Gemmell, M. R.; Eccles, R.; O'Toole, Aine; Vamos, E. E.; Gregory, R.; Haldenby, S.; Lynch, J.; Pybus, O.; Hughes,; Anthony, C.; Curran,; Ariën, K.; Scarlett, Garry; Robson, Samuel Charles; Green, L. R.; Bienkowska-Szewczyk, K.; Feltwell, T.; Borges,; Meader, E. J.; Halstead, F. D.; Jahun, A. S.; Ludden, C.; Parsons, P. J.; Mestek-Boukhibar, L.; Georgana, I.; Goodfellow, I.; Caucci, S.; Abdullaev, A.; Gavriil, A.; Popovici, O.; Abdurakhimov, A.; Fisher, C.; Peacock, S. J.; Alessandrini, F.; Edgeworth, J.; Nicholls, S.; Eb, Hodcroft; Mair, D.; Bagnarelli, P.; Kidd, S. P.; Pogka,; Cortes, N.; Agerer, B.; Duckworth, N.; Voulgari-Kokota, A.; Nichols, J.; George, R. P.; Eltringham, G.; Bock, C.; Virtanen, J.; Hughes, J.; Bergthaler, A.; Li, K. K.; Suvanto, M.; Johnson, N.; Jesudason, N.; Sreenu, V. B.; Blum, H.; Terhes, G.; McHugh,; Urbán, P.; Menger, K. E.; Tóth, G. E.; Somogyi, B.; Dewar, R.; Mihaela, L.; Holmes, A.; Adams, O.; Papp, H.; Mentis, A. F.; Andree, M.; Pereszlényi, C. I.; Cevik, C.; Dervisevic, S.; Graham, J. C.; Taylor, S.; Aydin, G.; Machin, N. W.; Gatica-Wilcox, B.; Gilbert, L.; Nguyen, P. T.; Kumžiene-Summerhayes, S.; Chauhan, A.; Elliott, S.; Casas, I.; Glaysher, S.; Caballero, M. I.; Lackenby, A.; Evans, J.; Nagy, Á.; Corden, S.; Group, Who European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV; Gaskin, A.; Coombs, J.; Nowotny, N.; Graham, L. J.; Afifi, S.; Cottrell, S.; Beer, R.; Gifford, L.; Kolyva, A.; Kay, G. L.; Loose, M.; Abudahab, K.; Lister, M. M.; Gilroy, R.; Kingsley, R. A.; Gutierrez, A.; Diaz, M.; Baker, D.; Liggett, S.; Clark, G.; Howson-Wells, H. C.; Ahmad, S. S. Y.; Debebe, J.; Khakh, M.; Awan, A. R.; Brunker, K.; Lopez, C. E. B.; Holmes, N.; Fleming, V. M.; Brown,; Gallagher,; Evans, C.; Aranday-Cortes, E.; Essex, S.; Loman, N. J.; Keeley, A. J.; Carmichael, S.; Dervisavic, S.; Gisaid, EpiCoV group; Kristiansen, M.; Broos, Alice; Findlay, J.; Forrest, L.; Dyal, P.; Bolt, F.; Khokhar, F.; Hosmillo, M.; Bull, M.; Chaudhry, Y.; Macintyre-Cockett, G.; Group*, Who European Region sequencing laboratories; Davidson, R. K.; Andersson, M.; Griffith, L.; Birchley, A.; Jackson, B.; Loveson, Katie F.; Butcher, E.; Colquhoun, R.; Hill,; Lindsey, B.; Bicknell, K.; Darby, A.; Jackson, K. A.; Iturriza-Gomara, M.; Bibby, D.; Manso, C. F.; Green, A.; Adams, A. G.; Golubchik, T.; Groves, D. C.; Aydin, A.; Grammatopoulos, D.; Harrison, E.; Martinez-Gonzalez, B.; Alikhan, N.-F.; Gunson, R.; Gisaid, EpiCoV group*; Gonzalez, G.; Martinez-Priego, Llúcia; Adriaenssens, E. M.; Fuller, W.; Kossyvakis, A.; Carlile, M.; Ball, J.; Karamitros, T.; Kalliaropoulos, A.; Horefti, E.; Kontou, A.; Chappell, Joseph; Labropoulou,; Evangelidou, M.; Baker, P.; Lambrechts, L.; Doymaz, M. Z.; Bashton, M.; Karaaslan, E.; Kallio-Kokko, H.; Angyal, A.; Madai, M.; Ellonen, P.; Hannula, S.; Kangas, H.; Gombos, K.; Gyenesei, A.; Loney, T.; Herczeg, R.; Caller, L. G.; Jakab, F.; Kemenesi, G.; Kuczmog, A.; Földes, F.; Lanszki, Z.; Asamaphan, P.; Dudás, G.; Buck, D.; Csoma, E.; Aanensen, D.; Bonsall, D.; Gonzalez-Candelas, F.; Beckett, Angela; Barnes,; Carr, M.; Brytting, M.; Bresner, C.; Bizta, P.; Belimezi, M.; Cetin, N. S.; Burián, K.; Babinszky, G. C.; Ab, Komissarov; Abou Tayoun, A. N.; Alsheikh-Ali, A. A.; Abdul-Wahab, O.; Andersen, M. H.; And, Dmitriy Pereyaslov

Dissemin
Tomaž Mark Zorec
O'Toole et al., 2020

Published in

European Centre for Disease Prevention and Control, Eurosurveillance, 32(25), 2020

DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410

Tools

Export citation

Format

@article{O'Toole2020,
  abstract = {We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2. },
  author = {O'Toole, Á. and Zakotnik, S. and Zorec, Tomaž Mark and de Marco, G. and Posada-Céspedes, S. and Topolsky, I. and Poljak, M. and Stene-Johansen, K. and Reusken, C. and Vennema, H. and Ruiz-Roldán, L. and Torres-Puente, M. and Ruíz-Hueso, P. and Ruiz-Rodriguez, Paula and Polackova, K. and Richter, J. and Tryfonos, C. and Stefani, F. and Rimoldi, S. G. and Yadahalli, S. and Romeri, F. and Salerno, F. and Polesello, S. and Zaheri, M. and Vecerova, J. and van der Werf, S. and Schär, T. and Vugrek, O. and Rokić, F. and Trgovec-Greif, L. and Wienecke-Baldacchino, A. K. and Rukavina, T. and Sučić, N. and Schønning, K. and Sørensen, E. A. and Sørensen, T. and Pereyaslov, Dmitriy and Skov, M. N. and Rasmussen, M. and Petersen, C. and Pyankov, O. and Pedersen,  and Tregubchak, T. and Shvalov, A. N. and Resende, P. C. and Zajac, M. and Russell, C. A. and Schmutz, S. and Perrin, A. and Trkola, A. and Walter, M. C. and Ra, Neher and Ustinova, M. and Rovite,  and Zuckerman, N. S. and Savicka, O. and Ragimbeau, C. and Sláviková, M. and Staroňová, E. and Tichá, E. and Szemes, T. and Rusňáková, D. and Stadler, T. and Quer, J. and Meijer, A. and Pumarola, T. and Piñana, María and Connor, Thomas and Martínez-Priego, L. and Wienemann, T. and Maurer Stroh, Sebastian and Papa, A. and Pappa, S. and Vapalahti, O. and Smura, T. and Hodcroft, Emma B. and Sironen, T. and Selhorst, P. and Yetiskin, H. and Jablonski, K. P. and Simon-Loriere, E. and Ferreira, P. F. and Rabalski, L. and Korva, M. and Melidou, Angeliki and Nagy, A. and Novakova, L. and Hungnes, O. and Vieira, L. and Murtskhvaladze, M. and Pyrc, K. and von Kleist, M. and Turdikulova, S. and García-González, N. and López, M. G. and Wolff, T. and Chiner-Oms, Á. and Tagliabracci, A. and Comas, I. and Pechirra, P. and Komissarov, Andrey B. and Goig, G. A. and Michaelsen, T. Y. and Zaballos, Á. and Turchi, C. and D'Auria, G. and Who, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group* and Neher, Richard A. and Ferrús-Abad, L. and de la Plaza, I. C. and Popa, Alexandra Mariela and Galan-Vendrell, I. and Coscollá, M. and da Silva Filipe, A. and Onofri,  and Smyth, M. and Kramna, L. and Schuster, M. and Cinek, O. and Senekowitsch, M. and Krashias, G. and Shevtsov, A. and Koptides, D. and Ramanculov, Y. and Yeats, C. and Christodoulou, C. and Penz, T. and Gruber, C. E. and Di Caro, A. and Vidanovic, D. and Tesovic, B. and Jirincova, H. and Volkening, J. and Mossong, J. and Cordey, S. and Wyles, M. and Rupnik, M. and Kotaria, N. and Walker, A. and Yakovleva, A. and Vasconcelos, M. K. and Jurak, I. and Strelow, D. and Senff, T. and Karst, S. M. and Williams, R. and Kirkegaard, R. H. and Knutson, S. and Maksyutov, R. A. and Timm, J. and Le-Quy,  and Metallidis, S. and Larsen, S. L. and Pfeffer, K. and Uygut,  and Williams, T. C. and Fonager, J. and Ozdarendeli, A. and Shchetinin, A. and Fomsgaard, A. and Pavel, S. T. I. and Novotný, A. and Gavrilova, E. and Wawina-Bokalanga, T. and Vanmechelen, B. and Goya, S. and Wittner, A. and Thürmer, A. and Lee, R. T. and Wedde, M. and Pancer, K. and Han, A. X. and Kufner,  and Huber, M. and Young, G. R. and Yew, W. C. and Melchionda, F. and Gambaro, F. and Lindsjö, O. K. and Who, European Region sequencing laboratories and Enouf,  and Menzo, S. and Donati, F. and Sergeeva, M. and Stefanelli, P. and Ličková, M. and Klovins, J. and Turtle, L. and Fournier, G. and Haukland, M. and Enkirch, T. and Spellman, K. and Karlberg, M. L. and Southgate, J. A. and Muenchhoff, M. and Moore, N. and Underwood, A. and Taylor, B. and Klempa, B. and Rainbow, L. and Whitehead, M. and Macek, M. and de Oliveira Martins, L. and Garcia-Cehic, D. and Yasir, M. and Izopet, J. and Gioula, G. and Tucker, R. and Exindari, M. and Paterson, S. and Chatzidimitriou, D. and Geryk, J. and Moore, C. and Hubáček, P. and Dřevínek, P. and Kvapil, P. and Holub, M. and Kvapilová, K. and Wright,  and Quick, J. and Kašný, M. and Walsh, S. and Klempt, P. and Sloan, T. and Martí-Carreras, Joan and Shepherd, J. G. and Michel, J. and Alm, Erik and Isidro, J. and Nitsche, A. and Broberg, Eeva K. and Gomes, J. P. and Thomson, E. and Williams, R. J. and Guiomar, R. and Shah, R. and Williams, C. A. and Costa, I. and Robertson, D. L. and Duarte, S. and Smollett, K. and Beerenwinkel, N. and Dalimova, D. and Tong, L. and Parr, Y. A. and McCluggage, K. and Avšič-Županc, T. and Price,  and Bragstad, K. and Phillips, N. and Di Sante, L. and Sethi, D. K. and Genger, J.-W. and Cancino-Muñoz, I. and Potter, W. and Stanley, R. and Lercher, A. and Payne, B. and Bracho,  and Prakash, R. and Endler, L. and Nelson, C. A. and de Cesare, M. and Marcello, A. and Smith, D. and Laine, J. and Carbó-Ramirez, S. and Todd, J. A. and Trebes, A. and Kalendar, R. and Mancini, N. and Graf, A. and Mahnic, A. and Watkins, J. and Keppler, O. T. and Krebs, S. and Meredith, L. W. and Rey, S. and Bashiardes, S. and Castilletti, C. and D'Agaro, P. and Laubscher, F. and Bartolini, B. and Workman, T. and Clementi, N. and Platt, S. and McCrone, J. T. and Licastro, Danilo and Houwaart, T. and Perry, M. and Jensen, B.-E. O. and Yazici, M. K. and Beisel, C. and Pacchiarini, N. and Hülse, L. and Rudder, S. J. and Trotter, A. J. and Hauka, S. and Feldt, T. and Nomikou, K. and Keitel,  and Kindgen-Milles, D. and Niebel, M. and Maes, P. and Brandt, J. and Thomson, N. M. and Dilthey, A. T. and Miah, S. and Page, A. J. and Zana, B. and Viet, T. L. and Zeghbib, S. and Tedim, Ana P. and Holyavkin, C. and Mookerjee, S. and Bodnev, S. A. and Sang, F. and Gushchin,  and Antonets, D. and Dinler-Doganay, G. and Nelson, A. and Patrick Mcclure, C. and Doganay, L. and Kizilboga-Akgun, T. and Karacan, I. and Tsoleridis, T. and Smith, W. and Antwerpen, M. and Dürrwald, R. and Behillil, S. and Drechsel, O. and Fuchs, S. and Kmiecinski, R. and Ek, Broberg and Mohamed, H. and Parker, M. and Rooke, S. and Maksimovic, J. and Mbisa, J. L. and Partridge, D. G. and Aberle, S. W. and Marchbank, A. and Tutill, H. J. and Jiménez, P. and Jiménez, M. and Advani, A. and Fernández, S. M. and Morgan, M. and Fernández, S. and Broddesson, S. and Fadeev, A. and Roy, S. and Ivanova, A. and Mather, A. E. and Stockton, J. and Lucaci, A. and Poplawski, R. and Estee Torok, M. and Panchbhaya, Y. and Anton, A. and Hall, G. and Rowe, W. P. M. and Andres, C. and Brož, P. and O'Grady, J. and Pandey, S. and Pinckert, M. L. and Ledesma, J. and Rambaut, A. and Hamilton, W. L. and Briksí, A. and Gemmell, M. R. and Eccles, R. and O'Toole, Aine and Vamos, E. E. and Gregory, R. and Haldenby, S. and Lynch, J. and Pybus, O. and Hughes,  and Anthony, C. and Curran,  and Ariën, K. and Scarlett, Garry and Robson, Samuel Charles and Green, L. R. and Bienkowska-Szewczyk, K. and Feltwell, T. and Borges,  and Meader, E. J. and Halstead, F. D. and Jahun, A. S. and Ludden, C. and Parsons, P. J. and Mestek-Boukhibar, L. and Georgana, I. and Goodfellow, I. and Caucci, S. and Abdullaev, A. and Gavriil, A. and Popovici, O. and Abdurakhimov, A. and Fisher, C. and Peacock, S. J. and Alessandrini, F. and Edgeworth, J. and Nicholls, S. and Eb, Hodcroft and Mair, D. and Bagnarelli, P. and Kidd, S. P. and Pogka,  and Cortes, N. and Agerer, B. and Duckworth, N. and Voulgari-Kokota, A. and Nichols, J. and George, R. P. and Eltringham, G. and Bock, C. and Virtanen, J. and Hughes, J. and Bergthaler, A. and Li, K. K. and Suvanto, M. and Johnson, N. and Jesudason, N. and Sreenu, V. B. and Blum, H. and Terhes, G. and McHugh,  and Urbán, P. and Menger, K. E. and Tóth, G. E. and Somogyi, B. and Dewar, R. and Mihaela, L. and Holmes, A. and Adams, O. and Papp, H. and Mentis, A. F. and Andree, M. and Pereszlényi, C. I. and Cevik, C. and Dervisevic, S. and Graham, J. C. and Taylor, S. and Aydin, G. and Machin, N. W. and Gatica-Wilcox, B. and Gilbert, L. and Nguyen, P. T. and Kumžiene-Summerhayes, S. and Chauhan, A. and Elliott, S. and Casas, I. and Glaysher, S. and Caballero, M. I. and Lackenby, A. and Evans, J. and Nagy, Á. and Corden, S. and Group, Who European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV and Gaskin, A. and Coombs, J. and Nowotny, N. and Graham, L. J. and Afifi, S. and Cottrell, S. and Beer, R. and Gifford, L. and Kolyva, A. and Kay, G. L. and Loose, M. and Abudahab, K. and Lister, M. M. and Gilroy, R. and Kingsley, R. A. and Gutierrez, A. and Diaz, M. and Baker, D. and Liggett, S. and Clark, G. and Howson-Wells, H. C. and Ahmad, S. S. Y. and Debebe, J. and Khakh, M. and Awan, A. R. and Brunker, K. and Lopez, C. E. B. and Holmes, N. and Fleming, V. M. and Brown,  and Gallagher,  and Evans, C. and Aranday-Cortes, E. and Essex, S. and Loman, N. J. and Keeley, A. J. and Carmichael, S. and Dervisavic, S. and Gisaid, EpiCoV group and Kristiansen, M. and Broos, Alice and Findlay, J. and Forrest, L. and Dyal, P. and Bolt, F. and Khokhar, F. and Hosmillo, M. and Bull, M. and Chaudhry, Y. and Macintyre-Cockett, G. and Group*, Who European Region sequencing laboratories and Davidson, R. K. and Andersson, M. and Griffith, L. and Birchley, A. and Jackson, B. and Loveson, Katie F. and Butcher, E. and Colquhoun, R. and Hill,  and Lindsey, B. and Bicknell, K. and Darby, A. and Jackson, K. A. and Iturriza-Gomara, M. and Bibby, D. and Manso, C. F. and Green, A. and Adams, A. G. and Golubchik, T. and Groves, D. C. and Aydin, A. and Grammatopoulos, D. and Harrison, E. and Martinez-Gonzalez, B. and Alikhan, N.-F. and Gunson, R. and Gisaid, EpiCoV group* and Gonzalez, G. and Martinez-Priego, Llúcia and Adriaenssens, E. M. and Fuller, W. and Kossyvakis, A. and Carlile, M. and Ball, J. and Karamitros, T. and Kalliaropoulos, A. and Horefti, E. and Kontou, A. and Chappell, Joseph and Labropoulou,  and Evangelidou, M. and Baker, P. and Lambrechts, L. and Doymaz, M. Z. and Bashton, M. and Karaaslan, E. and Kallio-Kokko, H. and Angyal, A. and Madai, M. and Ellonen, P. and Hannula, S. and Kangas, H. and Gombos, K. and Gyenesei, A. and Loney, T. and Herczeg, R. and Caller, L. G. and Jakab, F. and Kemenesi, G. and Kuczmog, A. and Földes, F. and Lanszki, Z. and Asamaphan, P. and Dudás, G. and Buck, D. and Csoma, E. and Aanensen, D. and Bonsall, D. and Gonzalez-Candelas, F. and Beckett, Angela and Barnes,  and Carr, M. and Brytting, M. and Bresner, C. and Bizta, P. and Belimezi, M. and Cetin, N. S. and Burián, K. and Babinszky, G. C. and Ab, Komissarov and Abou Tayoun, A. N. and Alsheikh-Ali, A. A. and Abdul-Wahab, O. and Andersen, M. H. and And, Dmitriy Pereyaslov},
  doi = {10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410},
  journal = {Eurosurveillance},
  month = {aug},
  title = {Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.},
  url = {https://doi.org/10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410},
  volume = {25},
  year = {2020}
}

Download

Export citation

Search in Google Scholar

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

Journal article published in 2020 by Á. O'Toole, S. Zakotnik, Tomaž Mark Zorec

, G. de Marco, S. Posada-Céspedes, I. Topolsky, M. Poljak, K. Stene-Johansen, C. Reusken, H. Vennema, L. Ruiz-Roldán, M. Torres-Puente, P. Ruíz-Hueso, Paula Ruiz-Rodriguez

, K. Polackova and other authors. Á. O'Toole, S. Zakotnik, Tomaž Mark Zorec

, G. de Marco, S. Posada-Céspedes, I. Topolsky, M. Poljak, K. Stene-Johansen, C. Reusken, H. Vennema, L. Ruiz-Roldán, M. Torres-Puente, P. Ruíz-Hueso, Paula Ruiz-Rodriguez

, K. Polackova, J. Richter, C. Tryfonos, F. Stefani, S. G. Rimoldi, S. Yadahalli, F. Romeri, F. Salerno, S. Polesello, M. Zaheri, J. Vecerova, S. van der Werf, T. Schär, O. Vugrek, F. Rokić, L. Trgovec-Greif, A. K. Wienecke-Baldacchino, T. Rukavina, N. Sučić, K. Schønning, E. A. Sørensen, T. Sørensen, Dmitriy Pereyaslov, M. N. Skov, M. Rasmussen, C. Petersen, O. Pyankov, Pedersen, T. Tregubchak, A. N. Shvalov, P. C. Resende, M. Zajac, C. A. Russell, S. Schmutz, A. Perrin, A. Trkola, M. C. Walter, Neher Ra, M. Ustinova, Rovite, N. S. Zuckerman, O. Savicka, C. Ragimbeau, M. Sláviková, E. Staroňová, E. Tichá, T. Szemes, D. Rusňáková, T. Stadler, J. Quer, A. Meijer, T. Pumarola, María Piñana

, Thomas Connor, L. Martínez-Priego, T. Wienemann, Sebastian Maurer Stroh, A. Papa, S. Pappa, O. Vapalahti, T. Smura, Emma B. Hodcroft

, T. Sironen, P. Selhorst, H. Yetiskin, K. P. Jablonski, E. Simon-Loriere, P. F. Ferreira, L. Rabalski, M. Korva

, Angeliki Melidou, A. Nagy, L. Novakova, O. Hungnes, L. Vieira, M. Murtskhvaladze, K. Pyrc, M. von Kleist, S. Turdikulova, N. García-González, M. G. López, T. Wolff, Á. Chiner-Oms, A. Tagliabracci, I. Comas, P. Pechirra, Andrey B. Komissarov, G. A. Goig, T. Y. Michaelsen, Á. Zaballos, C. Turchi, G. D'Auria, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group* Who, Richard A. Neher, L. Ferrús-Abad, I. C. de la Plaza, Alexandra Mariela Popa

, I. Galan-Vendrell, M. Coscollá, A. da Silva Filipe, Onofri, M. Smyth, L. Kramna, M. Schuster, O. Cinek, M. Senekowitsch, G. Krashias, A. Shevtsov, D. Koptides, Y. Ramanculov, C. Yeats, C. Christodoulou, T. Penz, C. E. Gruber, A. Di Caro, D. Vidanovic, B. Tesovic, H. Jirincova, J. Volkening, J. Mossong, S. Cordey, M. Wyles, M. Rupnik, N. Kotaria, A. Walker, A. Yakovleva, M. K. Vasconcelos, I. Jurak, D. Strelow, T. Senff, S. M. Karst, R. Williams, R. H. Kirkegaard, S. Knutson, R. A. Maksyutov, J. Timm, Le-Quy, S. Metallidis, S. L. Larsen, K. Pfeffer, Uygut, T. C. Williams, J. Fonager, A. Ozdarendeli, A. Shchetinin, A. Fomsgaard, S. T. I. Pavel, A. Novotný, E. Gavrilova, T. Wawina-Bokalanga, B. Vanmechelen, S. Goya, A. Wittner, A. Thürmer, R. T. Lee, M. Wedde, K. Pancer, A. X. Han, Kufner, M. Huber, G. R. Young, W. C. Yew, F. Melchionda, F. Gambaro, O. K. Lindsjö, European Region sequencing laboratories Who, Enouf, S. Menzo, F. Donati, M. Sergeeva, P. Stefanelli, M. Ličková, J. Klovins, L. Turtle, G. Fournier, M. Haukland, T. Enkirch, K. Spellman, M. L. Karlberg, J. A. Southgate, M. Muenchhoff, N. Moore, A. Underwood, B. Taylor, B. Klempa, L. Rainbow, M. Whitehead, M. Macek, L. de Oliveira Martins, D. Garcia-Cehic, M. Yasir, J. Izopet, G. Gioula, R. Tucker, M. Exindari, S. Paterson, D. Chatzidimitriou, J. Geryk, C. Moore, P. Hubáček, P. Dřevínek, P. Kvapil, M. Holub, K. Kvapilová, Wright, J. Quick, M. Kašný, S. Walsh, P. Klempt, T. Sloan, Joan Martí-Carreras

, J. G. Shepherd

, J. Michel, Erik Alm, J. Isidro, A. Nitsche, Eeva K. Broberg, J. P. Gomes, E. Thomson, R. J. Williams, R. Guiomar, R. Shah, C. A. Williams, I. Costa, D. L. Robertson, S. Duarte, K. Smollett, N. Beerenwinkel, D. Dalimova, L. Tong, Y. A. Parr, K. McCluggage, T. Avšič-Županc, Price, K. Bragstad, N. Phillips, L. Di Sante, D. K. Sethi, J.-W. Genger, I. Cancino-Muñoz, W. Potter, R. Stanley, A. Lercher, B. Payne, Bracho, R. Prakash, L. Endler, C. A. Nelson, M. de Cesare, A. Marcello, D. Smith, J. Laine, S. Carbó-Ramirez, J. A. Todd, A. Trebes, R. Kalendar, N. Mancini, A. Graf, A. Mahnic, J. Watkins, O. T. Keppler, S. Krebs, L. W. Meredith, S. Rey, S. Bashiardes, C. Castilletti, P. D'Agaro, F. Laubscher, B. Bartolini, T. Workman, N. Clementi, S. Platt, J. T. McCrone, Danilo Licastro

, T. Houwaart, M. Perry, B.-E. O. Jensen, M. K. Yazici, C. Beisel, N. Pacchiarini, L. Hülse, S. J. Rudder, A. J. Trotter, S. Hauka, T. Feldt, K. Nomikou, Keitel, D. Kindgen-Milles, M. Niebel, P. Maes, J. Brandt, N. M. Thomson, A. T. Dilthey, S. Miah, A. J. Page, B. Zana, T. L. Viet, S. Zeghbib, Ana P. Tedim

, C. Holyavkin, S. Mookerjee, S. A. Bodnev, F. Sang, Gushchin, D. Antonets, G. Dinler-Doganay, A. Nelson, C. Patrick Mcclure, L. Doganay, T. Kizilboga-Akgun, I. Karacan, T. Tsoleridis, W. Smith, M. Antwerpen, R. Dürrwald, S. Behillil, O. Drechsel, S. Fuchs, R. Kmiecinski, Broberg Ek, H. Mohamed, M. Parker, S. Rooke, J. Maksimovic, J. L. Mbisa, D. G. Partridge, S. W. Aberle, A. Marchbank, H. J. Tutill, P. Jiménez, M. Jiménez, A. Advani, S. M. Fernández, M. Morgan, S. Fernández, S. Broddesson, A. Fadeev, S. Roy, A. Ivanova, A. E. Mather, J. Stockton, A. Lucaci, R. Poplawski, M. Estee Torok, Y. Panchbhaya, A. Anton, G. Hall, W. P. M. Rowe, C. Andres, P. Brož, J. O'Grady, S. Pandey, M. L. Pinckert, J. Ledesma

, A. Rambaut, W. L. Hamilton, A. Briksí, M. R. Gemmell, R. Eccles, Aine O'Toole, E. E. Vamos, R. Gregory, S. Haldenby, J. Lynch, O. Pybus, Hughes, C. Anthony, Curran, K. Ariën, Garry Scarlett, Samuel Charles Robson, L. R. Green, K. Bienkowska-Szewczyk, T. Feltwell, Borges, E. J. Meader, F. D. Halstead, A. S. Jahun, C. Ludden, P. J. Parsons, L. Mestek-Boukhibar, I. Georgana, I. Goodfellow, S. Caucci, A. Abdullaev, A. Gavriil, O. Popovici, A. Abdurakhimov, C. Fisher, S. J. Peacock, F. Alessandrini, J. Edgeworth, S. Nicholls, Hodcroft Eb, D. Mair, P. Bagnarelli, S. P. Kidd, Pogka

, N. Cortes, B. Agerer, N. Duckworth, A. Voulgari-Kokota, J. Nichols, R. P. George, G. Eltringham, C. Bock, J. Virtanen, J. Hughes, A. Bergthaler, K. K. Li, M. Suvanto, N. Johnson, N. Jesudason, V. B. Sreenu, H. Blum, G. Terhes, McHugh, P. Urbán, K. E. Menger, G. E. Tóth, B. Somogyi, R. Dewar, L. Mihaela, A. Holmes, O. Adams, H. Papp, A. F. Mentis, M. Andree, C. I. Pereszlényi, C. Cevik, S. Dervisevic, J. C. Graham, S. Taylor, G. Aydin, N. W. Machin, B. Gatica-Wilcox, L. Gilbert, P. T. Nguyen, S. Kumžiene-Summerhayes, A. Chauhan, S. Elliott, I. Casas, S. Glaysher, M. I. Caballero, A. Lackenby, J. Evans, Á. Nagy, S. Corden, Who European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV Group, A. Gaskin, J. Coombs, N. Nowotny, L. J. Graham, S. Afifi, S. Cottrell, R. Beer, L. Gifford, A. Kolyva, G. L. Kay, M. Loose, K. Abudahab, M. M. Lister, R. Gilroy, R. A. Kingsley, A. Gutierrez, M. Diaz, D. Baker, S. Liggett, G. Clark, H. C. Howson-Wells, S. S. Y. Ahmad, J. Debebe, M. Khakh, A. R. Awan, K. Brunker, C. E. B. Lopez, N. Holmes, V. M. Fleming, Brown, Gallagher, C. Evans, E. Aranday-Cortes, S. Essex, N. J. Loman, A. J. Keeley, S. Carmichael, S. Dervisavic, EpiCoV group Gisaid, M. Kristiansen, Alice Broos

, J. Findlay, L. Forrest, P. Dyal, F. Bolt, F. Khokhar, M. Hosmillo, M. Bull, Y. Chaudhry, G. Macintyre-Cockett, Who European Region sequencing laboratories Group*, R. K. Davidson, M. Andersson, L. Griffith, A. Birchley, B. Jackson, Katie F. Loveson, E. Butcher, R. Colquhoun, Hill, B. Lindsey, K. Bicknell, A. Darby, K. A. Jackson, M. Iturriza-Gomara, D. Bibby, C. F. Manso, A. Green, A. G. Adams, T. Golubchik, D. C. Groves, A. Aydin, D. Grammatopoulos, E. Harrison, B. Martinez-Gonzalez, N.-F. Alikhan, R. Gunson, EpiCoV group* Gisaid, G. Gonzalez, Llúcia Martinez-Priego

, E. M. Adriaenssens, W. Fuller, A. Kossyvakis, M. Carlile, J. Ball, T. Karamitros, A. Kalliaropoulos, E. Horefti, A. Kontou, Joseph Chappell

, Labropoulou, M. Evangelidou, P. Baker, L. Lambrechts, M. Z. Doymaz, M. Bashton, E. Karaaslan, H. Kallio-Kokko, A. Angyal, M. Madai, P. Ellonen, S. Hannula, H. Kangas, K. Gombos, A. Gyenesei, T. Loney, R. Herczeg, L. G. Caller, F. Jakab, G. Kemenesi, A. Kuczmog, F. Földes, Z. Lanszki, P. Asamaphan, G. Dudás, D. Buck, E. Csoma, D. Aanensen, D. Bonsall, F. Gonzalez-Candelas, Angela Beckett

, Barnes, M. Carr, M. Brytting, C. Bresner, P. Bizta, M. Belimezi, N. S. Cetin, K. Burián, G. C. Babinszky, Komissarov Ab, A. N. Abou Tayoun, A. A. Alsheikh-Ali, O. Abdul-Wahab, M. H. Andersen, Dmitriy Pereyaslov And

Show less

This paper is made freely available by the publisher.

Full text: Download

Preprint: archiving allowed

Upload

Postprint: archiving allowed

Upload

Published version: archiving allowed

Upload

Policy details

Data provided by

Abstract

We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2.

Published in

Links

Tools

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

Abstract