Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

O'Toole, Á.; Zakotnik, S.; Zorec, Tomaž Mark; de Marco, G.; Yadahalli, S.; Zaheri, M.; van der Werf, S.; Wienecke-Baldacchino, A. K.; Zajac, M.; Zuckerman, N. S.; Wienemann, T.; Yetiskin, H.; von Kleist, M.; Wolff, T.; Zaballos, Á.; de la Plaza, I. C.; da Silva Filipe, A.; Yeats, C.; Wyles, M.; Yakovleva, A.; Williams, R.; Williams, T. C.; Wittner, A.; Young, G. R.; Yew, W. C.; de Oliveira Martins, L.; Yasir, M.; Wright,; Williams, R. J.; Williams, C. A.; de Cesare, M.; Workman, T.; Yazici, M. K.; Zana, B.; Zeghbib, S.; Posada-Céspedes, S.; Topolsky, I.; Poljak, M.; Stene-Johansen, K.; Reusken, C.; Vennema, H.; Ruiz-Roldán, L.; Torres-Puente, M.; Ruíz-Hueso, P.; Ruiz-Rodriguez, Paula; Polackova, K.; Richter, J.; Tryfonos, C.; Stefani, F.; Rimoldi, S. G.; Romeri, F.; Salerno, F.; Polesello, S.; Vecerova, J.; Schär, T.; Vugrek, O.; Trgovec-Greif, L.; Rokić, F.; Sučić, N.; Rukavina, T.; Schønning, K.; Sørensen, E. A.; Sørensen, T.; Skov, M. N.; Rasmussen, M.; Pyankov, O.; Tregubchak, T.; Shvalov, A. N.; Resende, P. C.; Russell, C. A.; Schmutz, S.; Trkola, A.; Walter, M. C.; Petersen, C.; Pedersen,; Ustinova, M.; Rovite,; Savicka, O.; Ragimbeau, C.; Perrin, A.; Sláviková, M.; Staroňová, E.; Tichá, E.; Szemes, T.; Rusňáková, D.; Stadler, T.; Quer, J.; Pumarola, T.; Vapalahti, O.; Smura, T.; Sironen, T.; Selhorst, P.; Simon-Loriere, E.; Rabalski, L.; Piñana, María; Vieira, L.; Pyrc, K.; Turdikulova, S.; Ra, Neher; Tagliabracci, A.; Papa, A.; Turchi, C.; Pappa, S.; Popa, Alexandra Mariela; Smyth, M.; Schuster, M.; Senekowitsch, M.; Shevtsov, A.; Ramanculov, Y.; Vidanovic, D.; Pechirra, P.; Tesovic, B.; Volkening, J.; Rupnik, M.; Walker, A.; Onofri,; Vasconcelos, M. K.; Strelow, D.; Senff, T.; Penz, T.; Timm, J.; Uygut,; Shchetinin, A.; Wawina-Bokalanga, T.; Vanmechelen, B.; Thürmer, A.; Wedde, M.; Pfeffer, K.; Ozdarendeli, A.; Pavel, S. T. I.; Sergeeva, M.; Stefanelli, P.; Turtle, L.; Pancer, K.; Spellman, K.; Southgate, J. A.; Underwood, A.; Taylor, B.; Rainbow, L.; Whitehead, M.; Tucker, R.; Pereyaslov, Dmitriy; Quick, J.; Walsh, S.; Sloan, T.; Shepherd, J. G.; Paterson, S.; Thomson, E.; Shah, R.; Robertson, D. L.; Smollett, K.; Who, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group*; Tong, L.; Price,; Sethi, D. K.; Stanley, R.; Potter, W.; Prakash, R.; Smith, D.; Phillips, N.; Todd, J. A.; Trebes, A.; Parr, Y. A.; Watkins, J.; Rey, S.; Payne, B.; Platt, S.; Rudder, S. J.; Trotter, A. J.; Perry, M.; Thomson, N. M.; Viet, T. L.; Tedim, Ana P.; Sang, F.; Pacchiarini, N.; Tsoleridis, T.; Smith, W.; Page, A. J.; Rooke, S.; Tutill, H. J.; Patrick Mcclure, C.; Roy, S.; Stockton, J.; Poplawski, R.; Rowe, W. P. M.; Parker, M.; Rambaut, A.; Partridge, D. G.; Pinckert, M. L.; Vamos, E. E.; Pybus, O.; Panchbhaya, Y.; Scarlett, Garry; Robson, Samuel Charles; Pandey, S.; Popovici, O.; Pogka,; Voulgari-Kokota, A.; Virtanen, J.; Parsons, P. J.; Suvanto, M.; Sreenu, V. B.; Peacock, S. J.; Terhes, G.; Urbán, P.; Tóth, G. E.; Somogyi, B.; Taylor, S.; Papp, H.; Pereszlényi, C. I.; Who, European Region sequencing laboratories; Meijer, A.; Martínez-Priego, L.; Nagy, A.; Novakova, L.; Murtskhvaladze, M.; Michaelsen, T. Y.; Mossong, J.; Metallidis, S.; Novotný, A.; Melchionda, F.; Menzo, S.; Moore, N.; Muenchhoff, M.; Moore, C.; Martí-Carreras, Joan; Michel, J.; Nitsche, A.; McCluggage, K.; Alm, Erik; Nelson, C. A.; Meredith, L. W.; McCrone, J. T.; Nomikou, K.; Niebel, M.; Miah, S.; Mookerjee, S.; Nelson, A.; Broberg, Eeva K.; Mohamed, H.; Mbisa, J. L.; Morgan, M.; Mather, A. E.; O'Grady, J.; Connor, Thomas; Meader, E. J.; Mestek-Boukhibar, L.; Nicholls, S.; Nichols, J.; Maurer Stroh, Sebastian; McHugh,; Menger, K. E.; Mihaela, L.; Mentis, A. F.; Nguyen, P. T.; Nagy, Á.; Nowotny, N.; López, M. G.; Jablonski, K. P.; Ferreira, P. F.; Korva, M.; Hodcroft, Emma B.; Hungnes, O.; García-González, N.; Chiner-Oms, Á.; Cancino-Muñoz, I.; Comas, I.; Goig, G. A.; D'Auria, G.; Ferrús-Abad, L.; Galan-Vendrell, I.; Carbó-Ramirez, S.; Coscollá, M.; Kramna, L.; Melidou, Angeliki; Cinek, O.; Krashias, G.; Maksyutov, R. A.; Koptides, D.; Christodoulou, C.; Gruber, C. E.; Di Caro, A.; Castilletti, C.; Jirincova, H.; Cordey, S.; Kotaria, N.; Jurak, I.; Karst, S. M.; Kirkegaard, R. H.; Knutson, S.; Lindsjö, O. K.; Le-Quy,; Larsen, S. L.; Ličková, M.; Fonager, J.; Fomsgaard, A.; Komissarov, Andrey B.; Gavrilova, E.; Beerenwinkel, N.; Goya, S.; Avšič-Županc, T.; Lee, R. T.; Han, A. X.; Bragstad, K.; Kufner,; Neher, Richard A.; Huber, M.; Bracho,; Macek, M.; Gambaro, F.; Enouf,; Donati, F.; Klovins, J.; Fournier, G.; Haukland, M.; Enkirch, T.; Bashiardes, S.; Karlberg, M. L.; Bartolini, B.; Klempa, B.; Garcia-Cehic, D.; Izopet, J.; Gioula, G.; Exindari, M.; Beisel, C.; Chatzidimitriou, D.; Geryk, J.; Brož, P.; Hubáček, P.; Dřevínek, P.; Brandt, J.; Kvapil, P.; Holub, M.; Kvapilová, K.; Kašný, M.; Marcello, A.; Klempt, P.; Bodnev, S. A.; Mancini, N.; Ek, Broberg; Antonets, D.; Mahnic, A.; Isidro, J.; Gomes, J. P.; Guiomar, R.; Costa, I.; Duarte, S.; Antwerpen, M.; Behillil, S.; Dalimova, D.; Caucci, S.; Di Sante, L.; Genger, J.-W.; Aberle, S. W.; Lercher, A.; Endler, L.; Maes, P.; Advani, A.; Laine, J.; Broddesson, S.; Kalendar, R.; Graf, A.; Keppler, O. T.; Krebs, S.; Anton, A.; Andres, C.; D'Agaro, P.; Laubscher, F.; Clementi, N.; Briksí, A.; Houwaart, T.; Jensen, B.-E. O.; Maksimovic, J.; Hülse, L.; O'Toole, Aine; Marchbank, A.; Hauka, S.; Feldt, T.; Anthony, C.; Keitel,; Ariën, K.; Kindgen-Milles, D.; Bienkowska-Szewczyk, K.; Dilthey, A. T.; Licastro, Danilo; Lucaci, A.; Borges,; Holyavkin, C.; Cevik, C.; Gushchin,; Dinler-Doganay, G.; Doganay, L.; Kizilboga-Akgun, T.; Abdullaev, A.; Karacan, I.; Abdurakhimov, A.; Alessandrini, F.; Dürrwald, R.; Lynch, J.; Drechsel, O.; Bagnarelli, P.; Fuchs, S.; Kmiecinski, R.; Agerer, B.; Casas, I.; Caballero, M. I.; Eb, Hodcroft; Ludden, C.; Jiménez, P.; Bock, C.; Bergthaler, A.; Jiménez, M.; Fernández, S. M.; Fernández, S.; Fadeev, A.; Ivanova, A.; Blum, H.; Mair, D.; Estee Torok, M.; Hall, G.; Ledesma, J.; Hamilton, W. L.; Adams, O.; Gemmell, M. R.; Andree, M.; Eccles, R.; Gregory, R.; Haldenby, S.; Hughes,; Curran,; Aydin, G.; Green, L. R.; Feltwell, T.; Halstead, F. D.; Jahun, A. S.; Georgana, I.; Goodfellow, I.; Gavriil, A.; Fisher, C.; Machin, N. W.; Edgeworth, J.; Kidd, S. P.; Cortes, N.; Brunker, K.; Afifi, S.; Duckworth, N.; Beer, R.; George, R. P.; Eltringham, G.; Brown,; Hughes, J.; Abudahab, K.; Li, K. K.; Johnson, N.; Jesudason, N.; Baker, D.; Carmichael, S.; Ahmad, S. S. Y.; Dewar, R.; Awan, A. R.; Holmes, A.; Loose, M.; Lister, M. M.; Dervisevic, S.; Graham, J. C.; Bull, M.; Aranday-Cortes, E.; Gatica-Wilcox, B.; Liggett, S.; Gilbert, L.; Kumžiene-Summerhayes, S.; Chauhan, A.; Butcher, E.; Elliott, S.; Glaysher, S.; Lackenby, A.; Lopez, C. E. B.; Group, Who European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV; Broos, Alice; Evans, J.; Bolt, F.; Corden, S.; Gaskin, A.; Coombs, J.; Graham, L. J.; Cottrell, S.; Loman, N. J.; Gifford, L.; Andersson, M.; Kolyva, A.; Birchley, A.; Kay, G. L.; Gilroy, R.; Bicknell, K.; Kingsley, R. A.; Gutierrez, A.; Diaz, M.; Bibby, D.; Clark, G.; Howson-Wells, H. C.; Debebe, J.; Adams, A. G.; Chappell, J.; Khakh, M.; Macintyre-Cockett, G.; Carlile, M.; Holmes, N.; Fleming, V. M.; Loveson, Katie F.; Aydin, A.; Gallagher,; Lindsey, B.; Evans, C.; Alikhan, N.-F.; Essex, S.; Manso, C. F.; Keeley, A. J.; Dervisavic, S.; Adriaenssens, E. M.; Kristiansen, M.; Findlay, J.; Forrest, L.; Dyal, P.; Ball, J.; Martinez-Gonzalez, B.; Khokhar, F.; Hosmillo, M.; Chaudhry, Y.; Caller, L. G.; Baker, P.; Davidson, R. K.; Griffith, L.; Jackson, B.; Gisaid, EpiCoV group; Bashton, M.; Colquhoun, R.; Hill,; Angyal, A.; Darby, A.; Jackson, K. A.; Iturriza-Gomara, M.; Green, A.; Buck, D.; Golubchik, T.; Madai, M.; Groves, D. C.; Grammatopoulos, D.; Harrison, E.; Gunson, R.; Asamaphan, P.; Loney, T.; Gonzalez, G.; Carr, M.; Brytting, M.; Aanensen, D.; Group*, Who European Region sequencing laboratories; Fuller, W.; Bonsall, D.; Kossyvakis, A.; Karamitros, T.; Kalliaropoulos, A.; Horefti, E.; Beckett, Angela; Kontou, A.; Labropoulou,; Evangelidou, M.; Barnes,; Lambrechts, L.; Doymaz, M. Z.; Cetin, N. S.; Karaaslan, E.; Kallio-Kokko, H.; Bresner, C.; Ellonen, P.; Hannula, S.; Kangas, H.; Burián, K.; Gombos, K.; Bizta, P.; Gyenesei, A.; Belimezi, M.; Herczeg, R.; Jakab, F.; Ab, Komissarov; Kemenesi, G.; Kuczmog, A.; Földes, F.; Lanszki, Z.; Dudás, G.; Csoma, E.; Babinszky, G. C.; Abou Tayoun, A. N.; Gonzalez-Candelas, F.; Alsheikh-Ali, A. A.; Abdul-Wahab, O.; Andersen, M. H.; And, Dmitriy Pereyaslov; Gisaid, EpiCoV group*; Martinez-Priego, Llúcia

Dissemin
Tomaž Mark Zorec
O'Toole et al., 2020

Published in

European Centre for Disease Prevention and Control, Eurosurveillance, 32(25), 2020

DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410

Tools

Export citation

Format

@article{O'Toole2020,
  abstract = {We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2. },
  author = {O'Toole, Á. and Zakotnik, S. and Zorec, Tomaž Mark and de Marco, G. and Yadahalli, S. and Zaheri, M. and van der Werf, S. and Wienecke-Baldacchino, A. K. and Zajac, M. and Zuckerman, N. S. and Wienemann, T. and Yetiskin, H. and von Kleist, M. and Wolff, T. and Zaballos, Á. and de la Plaza, I. C. and da Silva Filipe, A. and Yeats, C. and Wyles, M. and Yakovleva, A. and Williams, R. and Williams, T. C. and Wittner, A. and Young, G. R. and Yew, W. C. and de Oliveira Martins, L. and Yasir, M. and Wright,  and Williams, R. J. and Williams, C. A. and de Cesare, M. and Workman, T. and Yazici, M. K. and Zana, B. and Zeghbib, S. and Posada-Céspedes, S. and Topolsky, I. and Poljak, M. and Stene-Johansen, K. and Reusken, C. and Vennema, H. and Ruiz-Roldán, L. and Torres-Puente, M. and Ruíz-Hueso, P. and Ruiz-Rodriguez, Paula and Polackova, K. and Richter, J. and Tryfonos, C. and Stefani, F. and Rimoldi, S. G. and Romeri, F. and Salerno, F. and Polesello, S. and Vecerova, J. and Schär, T. and Vugrek, O. and Trgovec-Greif, L. and Rokić, F. and Sučić, N. and Rukavina, T. and Schønning, K. and Sørensen, E. A. and Sørensen, T. and Skov, M. N. and Rasmussen, M. and Pyankov, O. and Tregubchak, T. and Shvalov, A. N. and Resende, P. C. and Russell, C. A. and Schmutz, S. and Trkola, A. and Walter, M. C. and Petersen, C. and Pedersen,  and Ustinova, M. and Rovite,  and Savicka, O. and Ragimbeau, C. and Perrin, A. and Sláviková, M. and Staroňová, E. and Tichá, E. and Szemes, T. and Rusňáková, D. and Stadler, T. and Quer, J. and Pumarola, T. and Vapalahti, O. and Smura, T. and Sironen, T. and Selhorst, P. and Simon-Loriere, E. and Rabalski, L. and Piñana, María and Vieira, L. and Pyrc, K. and Turdikulova, S. and Ra, Neher and Tagliabracci, A. and Papa, A. and Turchi, C. and Pappa, S. and Popa, Alexandra Mariela and Smyth, M. and Schuster, M. and Senekowitsch, M. and Shevtsov, A. and Ramanculov, Y. and Vidanovic, D. and Pechirra, P. and Tesovic, B. and Volkening, J. and Rupnik, M. and Walker, A. and Onofri,  and Vasconcelos, M. K. and Strelow, D. and Senff, T. and Penz, T. and Timm, J. and Uygut,  and Shchetinin, A. and Wawina-Bokalanga, T. and Vanmechelen, B. and Thürmer, A. and Wedde, M. and Pfeffer, K. and Ozdarendeli, A. and Pavel, S. T. I. and Sergeeva, M. and Stefanelli, P. and Turtle, L. and Pancer, K. and Spellman, K. and Southgate, J. A. and Underwood, A. and Taylor, B. and Rainbow, L. and Whitehead, M. and Tucker, R. and Pereyaslov, Dmitriy and Quick, J. and Walsh, S. and Sloan, T. and Shepherd, J. G. and Paterson, S. and Thomson, E. and Shah, R. and Robertson, D. L. and Smollett, K. and Who, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group* and Tong, L. and Price,  and Sethi, D. K. and Stanley, R. and Potter, W. and Prakash, R. and Smith, D. and Phillips, N. and Todd, J. A. and Trebes, A. and Parr, Y. A. and Watkins, J. and Rey, S. and Payne, B. and Platt, S. and Rudder, S. J. and Trotter, A. J. and Perry, M. and Thomson, N. M. and Viet, T. L. and Tedim, Ana P. and Sang, F. and Pacchiarini, N. and Tsoleridis, T. and Smith, W. and Page, A. J. and Rooke, S. and Tutill, H. J. and Patrick Mcclure, C. and Roy, S. and Stockton, J. and Poplawski, R. and Rowe, W. P. M. and Parker, M. and Rambaut, A. and Partridge, D. G. and Pinckert, M. L. and Vamos, E. E. and Pybus, O. and Panchbhaya, Y. and Scarlett, Garry and Robson, Samuel Charles and Pandey, S. and Popovici, O. and Pogka,  and Voulgari-Kokota, A. and Virtanen, J. and Parsons, P. J. and Suvanto, M. and Sreenu, V. B. and Peacock, S. J. and Terhes, G. and Urbán, P. and Tóth, G. E. and Somogyi, B. and Taylor, S. and Papp, H. and Pereszlényi, C. I. and Who, European Region sequencing laboratories and Meijer, A. and Martínez-Priego, L. and Nagy, A. and Novakova, L. and Murtskhvaladze, M. and Michaelsen, T. Y. and Mossong, J. and Metallidis, S. and Novotný, A. and Melchionda, F. and Menzo, S. and Moore, N. and Muenchhoff, M. and Moore, C. and Martí-Carreras, Joan and Michel, J. and Nitsche, A. and McCluggage, K. and Alm, Erik and Nelson, C. A. and Meredith, L. W. and McCrone, J. T. and Nomikou, K. and Niebel, M. and Miah, S. and Mookerjee, S. and Nelson, A. and Broberg, Eeva K. and Mohamed, H. and Mbisa, J. L. and Morgan, M. and Mather, A. E. and O'Grady, J. and Connor, Thomas and Meader, E. J. and Mestek-Boukhibar, L. and Nicholls, S. and Nichols, J. and Maurer Stroh, Sebastian and McHugh,  and Menger, K. E. and Mihaela, L. and Mentis, A. F. and Nguyen, P. T. and Nagy, Á. and Nowotny, N. and López, M. G. and Jablonski, K. P. and Ferreira, P. F. and Korva, M. and Hodcroft, Emma B. and Hungnes, O. and García-González, N. and Chiner-Oms, Á. and Cancino-Muñoz, I. and Comas, I. and Goig, G. A. and D'Auria, G. and Ferrús-Abad, L. and Galan-Vendrell, I. and Carbó-Ramirez, S. and Coscollá, M. and Kramna, L. and Melidou, Angeliki and Cinek, O. and Krashias, G. and Maksyutov, R. A. and Koptides, D. and Christodoulou, C. and Gruber, C. E. and Di Caro, A. and Castilletti, C. and Jirincova, H. and Cordey, S. and Kotaria, N. and Jurak, I. and Karst, S. M. and Kirkegaard, R. H. and Knutson, S. and Lindsjö, O. K. and Le-Quy,  and Larsen, S. L. and Ličková, M. and Fonager, J. and Fomsgaard, A. and Komissarov, Andrey B. and Gavrilova, E. and Beerenwinkel, N. and Goya, S. and Avšič-Županc, T. and Lee, R. T. and Han, A. X. and Bragstad, K. and Kufner,  and Neher, Richard A. and Huber, M. and Bracho,  and Macek, M. and Gambaro, F. and Enouf,  and Donati, F. and Klovins, J. and Fournier, G. and Haukland, M. and Enkirch, T. and Bashiardes, S. and Karlberg, M. L. and Bartolini, B. and Klempa, B. and Garcia-Cehic, D. and Izopet, J. and Gioula, G. and Exindari, M. and Beisel, C. and Chatzidimitriou, D. and Geryk, J. and Brož, P. and Hubáček, P. and Dřevínek, P. and Brandt, J. and Kvapil, P. and Holub, M. and Kvapilová, K. and Kašný, M. and Marcello, A. and Klempt, P. and Bodnev, S. A. and Mancini, N. and Ek, Broberg and Antonets, D. and Mahnic, A. and Isidro, J. and Gomes, J. P. and Guiomar, R. and Costa, I. and Duarte, S. and Antwerpen, M. and Behillil, S. and Dalimova, D. and Caucci, S. and Di Sante, L. and Genger, J.-W. and Aberle, S. W. and Lercher, A. and Endler, L. and Maes, P. and Advani, A. and Laine, J. and Broddesson, S. and Kalendar, R. and Graf, A. and Keppler, O. T. and Krebs, S. and Anton, A. and Andres, C. and D'Agaro, P. and Laubscher, F. and Clementi, N. and Briksí, A. and Houwaart, T. and Jensen, B.-E. O. and Maksimovic, J. and Hülse, L. and O'Toole, Aine and Marchbank, A. and Hauka, S. and Feldt, T. and Anthony, C. and Keitel,  and Ariën, K. and Kindgen-Milles, D. and Bienkowska-Szewczyk, K. and Dilthey, A. T. and Licastro, Danilo and Lucaci, A. and Borges,  and Holyavkin, C. and Cevik, C. and Gushchin,  and Dinler-Doganay, G. and Doganay, L. and Kizilboga-Akgun, T. and Abdullaev, A. and Karacan, I. and Abdurakhimov, A. and Alessandrini, F. and Dürrwald, R. and Lynch, J. and Drechsel, O. and Bagnarelli, P. and Fuchs, S. and Kmiecinski, R. and Agerer, B. and Casas, I. and Caballero, M. I. and Eb, Hodcroft and Ludden, C. and Jiménez, P. and Bock, C. and Bergthaler, A. and Jiménez, M. and Fernández, S. M. and Fernández, S. and Fadeev, A. and Ivanova, A. and Blum, H. and Mair, D. and Estee Torok, M. and Hall, G. and Ledesma, J. and Hamilton, W. L. and Adams, O. and Gemmell, M. R. and Andree, M. and Eccles, R. and Gregory, R. and Haldenby, S. and Hughes,  and Curran,  and Aydin, G. and Green, L. R. and Feltwell, T. and Halstead, F. D. and Jahun, A. S. and Georgana, I. and Goodfellow, I. and Gavriil, A. and Fisher, C. and Machin, N. W. and Edgeworth, J. and Kidd, S. P. and Cortes, N. and Brunker, K. and Afifi, S. and Duckworth, N. and Beer, R. and George, R. P. and Eltringham, G. and Brown,  and Hughes, J. and Abudahab, K. and Li, K. K. and Johnson, N. and Jesudason, N. and Baker, D. and Carmichael, S. and Ahmad, S. S. Y. and Dewar, R. and Awan, A. R. and Holmes, A. and Loose, M. and Lister, M. M. and Dervisevic, S. and Graham, J. C. and Bull, M. and Aranday-Cortes, E. and Gatica-Wilcox, B. and Liggett, S. and Gilbert, L. and Kumžiene-Summerhayes, S. and Chauhan, A. and Butcher, E. and Elliott, S. and Glaysher, S. and Lackenby, A. and Lopez, C. E. B. and Group, Who European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV and Broos, Alice and Evans, J. and Bolt, F. and Corden, S. and Gaskin, A. and Coombs, J. and Graham, L. J. and Cottrell, S. and Loman, N. J. and Gifford, L. and Andersson, M. and Kolyva, A. and Birchley, A. and Kay, G. L. and Gilroy, R. and Bicknell, K. and Kingsley, R. A. and Gutierrez, A. and Diaz, M. and Bibby, D. and Clark, G. and Howson-Wells, H. C. and Debebe, J. and Adams, A. G. and Chappell, J. and Khakh, M. and Macintyre-Cockett, G. and Carlile, M. and Holmes, N. and Fleming, V. M. and Loveson, Katie F. and Aydin, A. and Gallagher,  and Lindsey, B. and Evans, C. and Alikhan, N.-F. and Essex, S. and Manso, C. F. and Keeley, A. J. and Dervisavic, S. and Adriaenssens, E. M. and Kristiansen, M. and Findlay, J. and Forrest, L. and Dyal, P. and Ball, J. and Martinez-Gonzalez, B. and Khokhar, F. and Hosmillo, M. and Chaudhry, Y. and Caller, L. G. and Baker, P. and Davidson, R. K. and Griffith, L. and Jackson, B. and Gisaid, EpiCoV group and Bashton, M. and Colquhoun, R. and Hill,  and Angyal, A. and Darby, A. and Jackson, K. A. and Iturriza-Gomara, M. and Green, A. and Buck, D. and Golubchik, T. and Madai, M. and Groves, D. C. and Grammatopoulos, D. and Harrison, E. and Gunson, R. and Asamaphan, P. and Loney, T. and Gonzalez, G. and Carr, M. and Brytting, M. and Aanensen, D. and Group*, Who European Region sequencing laboratories and Fuller, W. and Bonsall, D. and Kossyvakis, A. and Karamitros, T. and Kalliaropoulos, A. and Horefti, E. and Beckett, Angela and Kontou, A. and Labropoulou,  and Evangelidou, M. and Barnes,  and Lambrechts, L. and Doymaz, M. Z. and Cetin, N. S. and Karaaslan, E. and Kallio-Kokko, H. and Bresner, C. and Ellonen, P. and Hannula, S. and Kangas, H. and Burián, K. and Gombos, K. and Bizta, P. and Gyenesei, A. and Belimezi, M. and Herczeg, R. and Jakab, F. and Ab, Komissarov and Kemenesi, G. and Kuczmog, A. and Földes, F. and Lanszki, Z. and Dudás, G. and Csoma, E. and Babinszky, G. C. and Abou Tayoun, A. N. and Gonzalez-Candelas, F. and Alsheikh-Ali, A. A. and Abdul-Wahab, O. and Andersen, M. H. and And, Dmitriy Pereyaslov and Gisaid, EpiCoV group* and Martinez-Priego, Llúcia},
  doi = {10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410},
  journal = {Eurosurveillance},
  month = {aug},
  title = {Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.},
  url = {https://doi.org/10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410},
  volume = {25},
  year = {2020}
}

Download

Export citation

Search in Google Scholar

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

Journal article published in 2020 by Á. O'Toole, S. Zakotnik, Tomaž Mark Zorec

, G. de Marco, S. Yadahalli, M. Zaheri, S. van der Werf, A. K. Wienecke-Baldacchino, M. Zajac, N. S. Zuckerman, T. Wienemann, H. Yetiskin, M. von Kleist, T. Wolff, Á. Zaballos and other authors. Á. O'Toole, S. Zakotnik, Tomaž Mark Zorec

, G. de Marco, S. Yadahalli, M. Zaheri, S. van der Werf, A. K. Wienecke-Baldacchino, M. Zajac, N. S. Zuckerman, T. Wienemann, H. Yetiskin, M. von Kleist, T. Wolff, Á. Zaballos, I. C. de la Plaza, A. da Silva Filipe, C. Yeats, M. Wyles, A. Yakovleva, R. Williams, T. C. Williams, A. Wittner, G. R. Young, W. C. Yew, L. de Oliveira Martins, M. Yasir, Wright, R. J. Williams, C. A. Williams, M. de Cesare, T. Workman, M. K. Yazici, B. Zana, S. Zeghbib, S. Posada-Céspedes, I. Topolsky, M. Poljak, K. Stene-Johansen, C. Reusken, H. Vennema, L. Ruiz-Roldán, M. Torres-Puente, P. Ruíz-Hueso, Paula Ruiz-Rodriguez

, K. Polackova, J. Richter, C. Tryfonos, F. Stefani, S. G. Rimoldi, F. Romeri, F. Salerno, S. Polesello, J. Vecerova, T. Schär, O. Vugrek, L. Trgovec-Greif, F. Rokić, N. Sučić, T. Rukavina, K. Schønning, E. A. Sørensen, T. Sørensen, M. N. Skov, M. Rasmussen, O. Pyankov, T. Tregubchak, A. N. Shvalov, P. C. Resende, C. A. Russell, S. Schmutz, A. Trkola, M. C. Walter, C. Petersen, Pedersen, M. Ustinova, Rovite, O. Savicka, C. Ragimbeau, A. Perrin, M. Sláviková, E. Staroňová, E. Tichá, T. Szemes, D. Rusňáková, T. Stadler, J. Quer, T. Pumarola, O. Vapalahti, T. Smura, T. Sironen, P. Selhorst, E. Simon-Loriere, L. Rabalski, María Piñana

, L. Vieira, K. Pyrc, S. Turdikulova, Neher Ra, A. Tagliabracci, A. Papa, C. Turchi, S. Pappa, Alexandra Mariela Popa

, M. Smyth, M. Schuster, M. Senekowitsch, A. Shevtsov, Y. Ramanculov, D. Vidanovic, P. Pechirra, B. Tesovic, J. Volkening, M. Rupnik, A. Walker, Onofri, M. K. Vasconcelos, D. Strelow, T. Senff, T. Penz, J. Timm, Uygut, A. Shchetinin, T. Wawina-Bokalanga, B. Vanmechelen, A. Thürmer, M. Wedde, K. Pfeffer, A. Ozdarendeli, S. T. I. Pavel, M. Sergeeva, P. Stefanelli, L. Turtle, K. Pancer, K. Spellman, J. A. Southgate, A. Underwood, B. Taylor, L. Rainbow, M. Whitehead, R. Tucker, Dmitriy Pereyaslov, J. Quick, S. Walsh, T. Sloan, J. G. Shepherd

, S. Paterson, E. Thomson, R. Shah, D. L. Robertson, K. Smollett, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group* Who, L. Tong, Price, D. K. Sethi, R. Stanley, W. Potter, R. Prakash, D. Smith, N. Phillips, J. A. Todd, A. Trebes, Y. A. Parr, J. Watkins, S. Rey, B. Payne, S. Platt, S. J. Rudder, A. J. Trotter, M. Perry, N. M. Thomson, T. L. Viet, Ana P. Tedim

, F. Sang, N. Pacchiarini, T. Tsoleridis, W. Smith, A. J. Page, S. Rooke, H. J. Tutill, C. Patrick Mcclure, S. Roy, J. Stockton, R. Poplawski, W. P. M. Rowe, M. Parker, A. Rambaut, D. G. Partridge, M. L. Pinckert, E. E. Vamos, O. Pybus, Y. Panchbhaya, Garry Scarlett, Samuel Charles Robson, S. Pandey, O. Popovici, Pogka

, A. Voulgari-Kokota, J. Virtanen, P. J. Parsons, M. Suvanto, V. B. Sreenu, S. J. Peacock, G. Terhes, P. Urbán, G. E. Tóth, B. Somogyi, S. Taylor, H. Papp, C. I. Pereszlényi, European Region sequencing laboratories Who, A. Meijer, L. Martínez-Priego, A. Nagy, L. Novakova, M. Murtskhvaladze, T. Y. Michaelsen, J. Mossong, S. Metallidis, A. Novotný, F. Melchionda, S. Menzo, N. Moore, M. Muenchhoff, C. Moore, Joan Martí-Carreras

, J. Michel, A. Nitsche, K. McCluggage, Erik Alm, C. A. Nelson, L. W. Meredith, J. T. McCrone, K. Nomikou, M. Niebel, S. Miah, S. Mookerjee, A. Nelson, Eeva K. Broberg, H. Mohamed, J. L. Mbisa, M. Morgan, A. E. Mather, J. O'Grady, Thomas Connor, E. J. Meader, L. Mestek-Boukhibar, S. Nicholls, J. Nichols, Sebastian Maurer Stroh, McHugh, K. E. Menger, L. Mihaela, A. F. Mentis, P. T. Nguyen, Á. Nagy, N. Nowotny, M. G. López, K. P. Jablonski, P. F. Ferreira, M. Korva

, Emma B. Hodcroft

, O. Hungnes, N. García-González, Á. Chiner-Oms, I. Cancino-Muñoz, I. Comas, G. A. Goig, G. D'Auria, L. Ferrús-Abad, I. Galan-Vendrell, S. Carbó-Ramirez, M. Coscollá, L. Kramna, Angeliki Melidou, O. Cinek, G. Krashias, R. A. Maksyutov, D. Koptides, C. Christodoulou, C. E. Gruber, A. Di Caro, C. Castilletti, H. Jirincova, S. Cordey, N. Kotaria, I. Jurak, S. M. Karst, R. H. Kirkegaard, S. Knutson, O. K. Lindsjö, Le-Quy, S. L. Larsen, M. Ličková, J. Fonager, A. Fomsgaard, Andrey B. Komissarov, E. Gavrilova, N. Beerenwinkel, S. Goya, T. Avšič-Županc, R. T. Lee, A. X. Han, K. Bragstad, Kufner, Richard A. Neher, M. Huber, Bracho, M. Macek, F. Gambaro, Enouf, F. Donati, J. Klovins, G. Fournier, M. Haukland, T. Enkirch, S. Bashiardes, M. L. Karlberg, B. Bartolini, B. Klempa, D. Garcia-Cehic, J. Izopet, G. Gioula, M. Exindari, C. Beisel, D. Chatzidimitriou, J. Geryk, P. Brož, P. Hubáček, P. Dřevínek, J. Brandt, P. Kvapil, M. Holub, K. Kvapilová, M. Kašný, A. Marcello, P. Klempt, S. A. Bodnev, N. Mancini, Broberg Ek, D. Antonets, A. Mahnic, J. Isidro, J. P. Gomes, R. Guiomar, I. Costa, S. Duarte, M. Antwerpen, S. Behillil, D. Dalimova, S. Caucci, L. Di Sante, J.-W. Genger, S. W. Aberle, A. Lercher, L. Endler, P. Maes, A. Advani, J. Laine, S. Broddesson, R. Kalendar, A. Graf, O. T. Keppler, S. Krebs, A. Anton, C. Andres, P. D'Agaro, F. Laubscher, N. Clementi, A. Briksí, T. Houwaart, B.-E. O. Jensen, J. Maksimovic, L. Hülse, Aine O'Toole, A. Marchbank, S. Hauka, T. Feldt, C. Anthony, Keitel, K. Ariën, D. Kindgen-Milles, K. Bienkowska-Szewczyk, A. T. Dilthey, Danilo Licastro

, A. Lucaci, Borges, C. Holyavkin, C. Cevik, Gushchin, G. Dinler-Doganay, L. Doganay, T. Kizilboga-Akgun, A. Abdullaev, I. Karacan, A. Abdurakhimov, F. Alessandrini, R. Dürrwald, J. Lynch, O. Drechsel, P. Bagnarelli, S. Fuchs, R. Kmiecinski, B. Agerer, I. Casas, M. I. Caballero, Hodcroft Eb, C. Ludden, P. Jiménez, C. Bock, A. Bergthaler, M. Jiménez, S. M. Fernández, S. Fernández, A. Fadeev, A. Ivanova, H. Blum, D. Mair, M. Estee Torok, G. Hall, J. Ledesma

, W. L. Hamilton, O. Adams, M. R. Gemmell, M. Andree, R. Eccles, R. Gregory, S. Haldenby, Hughes, Curran, G. Aydin, L. R. Green, T. Feltwell, F. D. Halstead, A. S. Jahun, I. Georgana, I. Goodfellow, A. Gavriil, C. Fisher, N. W. Machin, J. Edgeworth, S. P. Kidd, N. Cortes, K. Brunker, S. Afifi, N. Duckworth, R. Beer, R. P. George, G. Eltringham, Brown, J. Hughes, K. Abudahab, K. K. Li, N. Johnson, N. Jesudason, D. Baker, S. Carmichael, S. S. Y. Ahmad, R. Dewar, A. R. Awan, A. Holmes, M. Loose, M. M. Lister, S. Dervisevic, J. C. Graham, M. Bull, E. Aranday-Cortes, B. Gatica-Wilcox, S. Liggett, L. Gilbert, S. Kumžiene-Summerhayes, A. Chauhan, E. Butcher, S. Elliott, S. Glaysher, A. Lackenby, C. E. B. Lopez, Who European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV Group, Alice Broos

, J. Evans, F. Bolt, S. Corden, A. Gaskin, J. Coombs, L. J. Graham, S. Cottrell, N. J. Loman, L. Gifford, M. Andersson, A. Kolyva, A. Birchley, G. L. Kay, R. Gilroy, K. Bicknell, R. A. Kingsley, A. Gutierrez, M. Diaz, D. Bibby, G. Clark, H. C. Howson-Wells, J. Debebe, A. G. Adams, J. Chappell, M. Khakh, G. Macintyre-Cockett, M. Carlile, N. Holmes, V. M. Fleming, Katie F. Loveson, A. Aydin, Gallagher, B. Lindsey, C. Evans, N.-F. Alikhan, S. Essex, C. F. Manso, A. J. Keeley, S. Dervisavic, E. M. Adriaenssens, M. Kristiansen, J. Findlay, L. Forrest, P. Dyal, J. Ball, B. Martinez-Gonzalez, F. Khokhar, M. Hosmillo, Y. Chaudhry, L. G. Caller, P. Baker, R. K. Davidson, L. Griffith, B. Jackson, EpiCoV group Gisaid, M. Bashton, R. Colquhoun, Hill, A. Angyal, A. Darby, K. A. Jackson, M. Iturriza-Gomara, A. Green, D. Buck, T. Golubchik, M. Madai, D. C. Groves, D. Grammatopoulos, E. Harrison, R. Gunson, P. Asamaphan, T. Loney, G. Gonzalez, M. Carr, M. Brytting, D. Aanensen, Who European Region sequencing laboratories Group*, W. Fuller, D. Bonsall, A. Kossyvakis, T. Karamitros, A. Kalliaropoulos, E. Horefti, Angela Beckett

, A. Kontou, Labropoulou, M. Evangelidou, Barnes, L. Lambrechts, M. Z. Doymaz, N. S. Cetin, E. Karaaslan, H. Kallio-Kokko, C. Bresner, P. Ellonen, S. Hannula, H. Kangas, K. Burián, K. Gombos, P. Bizta, A. Gyenesei, M. Belimezi, R. Herczeg, F. Jakab, Komissarov Ab, G. Kemenesi, A. Kuczmog, F. Földes, Z. Lanszki, G. Dudás, E. Csoma, G. C. Babinszky, A. N. Abou Tayoun, F. Gonzalez-Candelas, A. A. Alsheikh-Ali, O. Abdul-Wahab, M. H. Andersen, Dmitriy Pereyaslov And, EpiCoV group* Gisaid, Llúcia Martinez-Priego

Show less

This paper is made freely available by the publisher.

Full text: Download

Preprint: archiving allowed

Upload

Postprint: archiving allowed

Upload

Published version: archiving allowed

Upload

Policy details

Data provided by

Abstract

We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2.

Published in

Links

Tools

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

Abstract