Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

O'Toole, Á.; Zakotnik, S.; Zorec, Tomaž Mark; Vennema, H.; de Marco, G.; Who, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group*; Vecerova, J.; Posada-Céspedes, S.; Vugrek, O.; Topolsky, I.; Who, European Region sequencing laboratories; Poljak, M.; Stene-Johansen, K.; Reusken, C.; Ruiz-Roldán, L.; Pereyaslov, Dmitriy; Torres-Puente, M.; Yadahalli, S.; Ruíz-Hueso, P.; Zaheri, M.; Ruiz-Rodriguez, Paula; Polackova, K.; Connor, Thomas; van der Werf, S.; Richter, J.; Maurer Stroh, Sebastian; Walter, M. C.; Tryfonos, C.; Hodcroft, Emma B.; Ustinova, M.; Wienecke-Baldacchino, A. K.; Stefani, F.; Melidou, Angeliki; Rimoldi, S. G.; Jablonski, K. P.; Meijer, A.; Romeri, F.; Salerno, F.; Ferreira, P. F.; Polesello, S.; Korva, M.; Komissarov, Andrey B.; Schär, T.; Martínez-Priego, L.; Neher, Richard A.; Hungnes, O.; Rokić, F.; Trgovec-Greif, L.; Rukavina, T.; Sučić, N.; García-González, N.; Schønning, K.; Chiner-Oms, Á.; Sørensen, E. A.; Comas, I.; López, M. G.; Zajac, M.; Sørensen, T.; Goig, G. A.; Petersen, C.; Skov, M. N.; D'Auria, G.; Pedersen,; Rasmussen, M.; Vapalahti, O.; Ferrús-Abad, L.; Galan-Vendrell, I.; Pyankov, O.; Coscollá, M.; Tregubchak, T.; Nagy, A.; Shvalov, A. N.; Novakova, L.; Kramna, L.; Resende, P. C.; Zuckerman, N. S.; Cinek, O.; Murtskhvaladze, M.; Vieira, L.; Perrin, A.; Krashias, G.; Russell, C. A.; Ra, Neher; Turdikulova, S.; Schmutz, S.; Koptides, D.; Christodoulou, C.; Trkola, A.; Gruber, C. E.; Turchi, C.; Di Caro, A.; Rovite,; Michaelsen, T. Y.; Savicka, O.; Jirincova, H.; Ragimbeau, C.; Cordey, S.; Alm, Erik; Kotaria, N.; Sláviková, M.; Broberg, Eeva K.; Jurak, I.; Staroňová, E.; Tichá, E.; Wienemann, T.; Szemes, T.; Rusňáková, D.; Vidanovic, D.; Karst, S. M.; Stadler, T.; Kirkegaard, R. H.; Volkening, J.; Quer, J.; Knutson, S.; Beerenwinkel, N.; Piñana, María; Walker, A.; Pumarola, T.; Le-Quy,; Vasconcelos, M. K.; Yetiskin, H.; Larsen, S. L.; Avšič-Županc, T.; Maksyutov, R. A.; Papa, A.; Fonager, J.; Pappa, S.; Bragstad, K.; Fomsgaard, A.; Gavrilova, E.; Uygut,; von Kleist, M.; Goya, S.; Smura, T.; Cancino-Muñoz, I.; Bracho,; Wolff, T.; Mossong, J.; Sironen, T.; Lee, R. T.; Selhorst, P.; Han, A. X.; Simon-Loriere, E.; Zaballos, Á.; Wawina-Bokalanga, T.; Kufner,; Vanmechelen, B.; Rabalski, L.; Huber, M.; Wedde, M.; de la Plaza, I. C.; Gambaro, F.; Carbó-Ramirez, S.; Enouf,; da Silva Filipe, A.; Donati, F.; Pyrc, K.; Pechirra, P.; Klovins, J.; Lindsjö, O. K.; Tagliabracci, A.; Yeats, C.; Fournier, G.; Metallidis, S.; Bashiardes, S.; Haukland, M.; Turtle, L.; Enkirch, T.; Ličková, M.; Bartolini, B.; Castilletti, C.; Karlberg, M. L.; Onofri,; Underwood, A.; Popa, Alexandra Mariela; Klempa, B.; Wyles, M.; Novotný, A.; Whitehead, M.; Smyth, M.; Yakovleva, A.; Schuster, M.; Garcia-Cehic, D.; Senekowitsch, M.; Beisel, C.; Tucker, R.; Izopet, J.; Penz, T.; Williams, R.; Gioula, G.; Shevtsov, A.; Exindari, M.; Macek, M.; Ramanculov, Y.; Chatzidimitriou, D.; Geryk, J.; Hubáček, P.; Dřevínek, P.; Williams, T. C.; Melchionda, F.; Kvapil, P.; Tesovic, B.; Brandt, J.; Holub, M.; Walsh, S.; Kvapilová, K.; Menzo, S.; Kašný, M.; Rupnik, M.; Klempt, P.; Wittner, A.; Strelow, D.; Senff, T.; Bodnev, S. A.; Isidro, J.; Antonets, D.; Gomes, J. P.; Timm, J.; Guiomar, R.; Young, G. R.; Yew, W. C.; Moore, N.; Costa, I.; Pfeffer, K.; Muenchhoff, M.; Duarte, S.; Ozdarendeli, A.; Pavel, S. T. I.; Antwerpen, M.; Dalimova, D.; Shchetinin, A.; Watkins, J.; Behillil, S.; Pancer, K.; Di Sante, L.; Thürmer, A.; Genger, J.-W.; Aberle, S. W.; Lercher, A.; de Oliveira Martins, L.; Endler, L.; Advani, A.; Yasir, M.; Moore, C.; Broddesson, S.; Laine, J.; Kalendar, R.; Sergeeva, M.; Marcello, A.; Viet, T. L.; Stefanelli, P.; Graf, A.; Keppler, O. T.; Martí-Carreras, Joan; Krebs, S.; Anton, A.; Wright,; Andres, C.; Mancini, N.; Spellman, K.; D'Agaro, P.; Mahnic, A.; Laubscher, F.; Michel, J.; Southgate, J. A.; Licastro, Danilo; Clementi, N.; Nitsche, A.; Taylor, B.; Brož, P.; Williams, R. J.; Houwaart, T.; Briksí, A.; Rainbow, L.; Williams, C. A.; Tutill, H. J.; Jensen, B.-E. O.; Hülse, L.; Paterson, S.; Hauka, S.; Feldt, T.; Keitel,; McCluggage, K.; Anthony, C.; Kindgen-Milles, D.; Ariën, K.; Dilthey, A. T.; Bienkowska-Szewczyk, K.; de Cesare, M.; Vamos, E. E.; Borges,; Holyavkin, C.; Maes, P.; Quick, J.; Gushchin,; Sloan, T.; Dinler-Doganay, G.; Nelson, C. A.; Doganay, L.; Abdullaev, A.; Kizilboga-Akgun, T.; Shepherd, J. G.; Karacan, I.; Workman, T.; Abdurakhimov, A.; Caucci, S.; Alessandrini, F.; Dürrwald, R.; Thomson, E.; Drechsel, O.; Bagnarelli, P.; Shah, R.; Voulgari-Kokota, A.; Yazici, M. K.; Fuchs, S.; Kmiecinski, R.; Robertson, D. L.; Meredith, L. W.; Agerer, B.; Parr, Y. A.; Smollett, K.; Virtanen, J.; Tong, L.; Jiménez, P.; Jiménez, M.; Bock, C.; Zana, B.; Urbán, P.; Phillips, N.; Fernández, S. M.; Bergthaler, A.; Zeghbib, S.; Price,; Fernández, S.; McCrone, J. T.; Tóth, G. E.; Fadeev, A.; Maksimovic, J.; Payne, B.; Sethi, D. K.; Ivanova, A.; Potter, W.; Marchbank, A.; Blum, H.; Stanley, R.; Estee Torok, M.; Prakash, R.; Hall, G.; Smith, D.; Todd, J. A.; Ledesma, J.; Lucaci, A.; Trebes, A.; Ek, Broberg; Nomikou, K.; Hamilton, W. L.; Adams, O.; Niebel, M.; Andree, M.; Gemmell, M. R.; Eccles, R.; Miah, S.; Rey, S.; Gregory, R.; Haldenby, S.; Mookerjee, S.; Cevik, C.; Aydin, G.; Hughes,; Platt, S.; Curran,; Green, L. R.; Perry, M.; Nelson, A.; Feltwell, T.; Pacchiarini, N.; Lynch, J.; Halstead, F. D.; Jahun, A. S.; Georgana, I.; Rudder, S. J.; Goodfellow, I.; Trotter, A. J.; Casas, I.; Gavriil, A.; Caballero, M. I.; Fisher, C.; Ludden, C.; Edgeworth, J.; Page, A. J.; Thomson, N. M.; Mohamed, H.; O'Toole, Aine; Kidd, S. P.; Mbisa, J. L.; Cortes, N.; Tedim, Ana P.; Duckworth, N.; Afifi, S.; Sang, F.; Beer, R.; George, R. P.; Patrick Mcclure, C.; Eltringham, G.; Mair, D.; Morgan, M.; Hughes, J.; Li, K. K.; Abudahab, K.; Mather, A. E.; Johnson, N.; Jesudason, N.; Smith, W.; Parker, M.; Baker, D.; O'Grady, J.; Partridge, D. G.; Dewar, R.; Rooke, S.; Holmes, A.; Ahmad, S. S. Y.; Eb, Hodcroft; Awan, A. R.; Dervisevic, S.; Graham, J. C.; Brunker, K.; Roy, S.; Panchbhaya, Y.; Stockton, J.; Brown,; Gatica-Wilcox, B.; Gilbert, L.; Poplawski, R.; Aranday-Cortes, E.; Kumžiene-Summerhayes, S.; Chauhan, A.; Pandey, S.; Rowe, W. P. M.; Elliott, S.; Machin, N. W.; Glaysher, S.; Pinckert, M. L.; Lackenby, A.; Carmichael, S.; Meader, E. J.; Rambaut, A.; Evans, J.; Broos, Alice; Mestek-Boukhibar, L.; Corden, S.; Gaskin, A.; Coombs, J.; Bolt, F.; Graham, L. J.; Cottrell, S.; Gifford, L.; Kolyva, A.; Pybus, O.; Nicholls, S.; Kay, G. L.; Scarlett, Garry; Bull, M.; Robson, Samuel Charles; Andersson, M.; Gilroy, R.; Kingsley, R. A.; Birchley, A.; Gutierrez, A.; Tsoleridis, Theocharis; Diaz, M.; Parsons, P. J.; Nichols, J.; Group, Who European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV; Butcher, E.; Loose, M.; Bicknell, K.; Clark, G.; Lister, M. M.; Howson-Wells, H. C.; Debebe, J.; Bibby, D.; Peacock, S. J.; Khakh, M.; Popovici, O.; Holmes, N.; Adams, A. G.; Liggett, S.; Fleming, V. M.; Gallagher,; McHugh,; Pogka,; Evans, C.; Menger, K. E.; Essex, S.; Lopez, C. E. B.; Aydin, A.; Keeley, A. J.; Mihaela, L.; Dervisavic, S.; Alikhan, N.-F.; Kristiansen, M.; Mentis, A. F.; Findlay, J.; Forrest, L.; Loman, N. J.; Adriaenssens, E. M.; Suvanto, M.; Dyal, P.; Sreenu, V. B.; Ball, J.; Terhes, G.; Carlile, M.; Khokhar, F.; Gisaid, EpiCoV group; Hosmillo, M.; Chappell, Joseph; Chaudhry, Y.; Somogyi, B.; Davidson, R. K.; Nguyen, P. T.; Griffith, L.; Jackson, B.; Baker, P.; Papp, H.; Colquhoun, R.; Hill,; Group*, Who European Region sequencing laboratories; Macintyre-Cockett, G.; Pereszlényi, C. I.; Bashton, M.; Darby, A.; Jackson, K. A.; Iturriza-Gomara, M.; Angyal, A.; Loveson, Katie F.; Green, A.; Taylor, S.; Nagy, Á.; Lindsey, B.; Golubchik, T.; Groves, D. C.; Manso, C. F.; Nowotny, N.; Grammatopoulos, D.; Harrison, E.; Caller, L. G.; Gunson, R.; Gonzalez, G.; Gisaid, EpiCoV group*; Asamaphan, P.; Fuller, W.; Martinez-Priego, Llúcia; Martinez-Gonzalez, B.; Kossyvakis, A.; Aanensen, D.; Buck, D.; Karamitros, T.; Bonsall, D.; Kalliaropoulos, A.; Horefti, E.; Kontou, A.; Labropoulou,; Beckett, Angela; Evangelidou, M.; Barnes,; Lambrechts, L.; Doymaz, M. Z.; Karaaslan, E.; Carr, M.; Kallio-Kokko, H.; Brytting, M.; Bresner, C.; Ellonen, P.; Hannula, S.; Kangas, H.; Gombos, K.; Gyenesei, A.; Bizta, P.; Herczeg, R.; Belimezi, M.; Jakab, F.; Madai, M.; Kemenesi, G.; Cetin, N. S.; Kuczmog, A.; Földes, F.; Lanszki, Z.; Burián, K.; Loney, T.; Dudás, G.; Csoma, E.; Gonzalez-Candelas, F.; Babinszky, G. C.; Abou Tayoun, A. N.; Ab, Komissarov; Alsheikh-Ali, A. A.; Abdul-Wahab, O.; Andersen, M. H.; And, Dmitriy Pereyaslov

Dissemin
Tomaž Mark Zorec
O'Toole et al., 2020

Published in

European Centre for Disease Prevention and Control, Eurosurveillance, 32(25), 2020

DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410

Tools

Export citation

Format

@article{O'Toole2020,
  abstract = {We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2. },
  author = {O'Toole, Á. and Zakotnik, S. and Zorec, Tomaž Mark and Vennema, H. and de Marco, G. and Who, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group* and Vecerova, J. and Posada-Céspedes, S. and Vugrek, O. and Topolsky, I. and Who, European Region sequencing laboratories and Poljak, M. and Stene-Johansen, K. and Reusken, C. and Ruiz-Roldán, L. and Pereyaslov, Dmitriy and Torres-Puente, M. and Yadahalli, S. and Ruíz-Hueso, P. and Zaheri, M. and Ruiz-Rodriguez, Paula and Polackova, K. and Connor, Thomas and van der Werf, S. and Richter, J. and Maurer Stroh, Sebastian and Walter, M. C. and Tryfonos, C. and Hodcroft, Emma B. and Ustinova, M. and Wienecke-Baldacchino, A. K. and Stefani, F. and Melidou, Angeliki and Rimoldi, S. G. and Jablonski, K. P. and Meijer, A. and Romeri, F. and Salerno, F. and Ferreira, P. F. and Polesello, S. and Korva, M. and Komissarov, Andrey B. and Schär, T. and Martínez-Priego, L. and Neher, Richard A. and Hungnes, O. and Rokić, F. and Trgovec-Greif, L. and Rukavina, T. and Sučić, N. and García-González, N. and Schønning, K. and Chiner-Oms, Á. and Sørensen, E. A. and Comas, I. and López, M. G. and Zajac, M. and Sørensen, T. and Goig, G. A. and Petersen, C. and Skov, M. N. and D'Auria, G. and Pedersen,  and Rasmussen, M. and Vapalahti, O. and Ferrús-Abad, L. and Galan-Vendrell, I. and Pyankov, O. and Coscollá, M. and Tregubchak, T. and Nagy, A. and Shvalov, A. N. and Novakova, L. and Kramna, L. and Resende, P. C. and Zuckerman, N. S. and Cinek, O. and Murtskhvaladze, M. and Vieira, L. and Perrin, A. and Krashias, G. and Russell, C. A. and Ra, Neher and Turdikulova, S. and Schmutz, S. and Koptides, D. and Christodoulou, C. and Trkola, A. and Gruber, C. E. and Turchi, C. and Di Caro, A. and Rovite,  and Michaelsen, T. Y. and Savicka, O. and Jirincova, H. and Ragimbeau, C. and Cordey, S. and Alm, Erik and Kotaria, N. and Sláviková, M. and Broberg, Eeva K. and Jurak, I. and Staroňová, E. and Tichá, E. and Wienemann, T. and Szemes, T. and Rusňáková, D. and Vidanovic, D. and Karst, S. M. and Stadler, T. and Kirkegaard, R. H. and Volkening, J. and Quer, J. and Knutson, S. and Beerenwinkel, N. and Piñana, María and Walker, A. and Pumarola, T. and Le-Quy,  and Vasconcelos, M. K. and Yetiskin, H. and Larsen, S. L. and Avšič-Županc, T. and Maksyutov, R. A. and Papa, A. and Fonager, J. and Pappa, S. and Bragstad, K. and Fomsgaard, A. and Gavrilova, E. and Uygut,  and von Kleist, M. and Goya, S. and Smura, T. and Cancino-Muñoz, I. and Bracho,  and Wolff, T. and Mossong, J. and Sironen, T. and Lee, R. T. and Selhorst, P. and Han, A. X. and Simon-Loriere, E. and Zaballos, Á. and Wawina-Bokalanga, T. and Kufner,  and Vanmechelen, B. and Rabalski, L. and Huber, M. and Wedde, M. and de la Plaza, I. C. and Gambaro, F. and Carbó-Ramirez, S. and Enouf,  and da Silva Filipe, A. and Donati, F. and Pyrc, K. and Pechirra, P. and Klovins, J. and Lindsjö, O. K. and Tagliabracci, A. and Yeats, C. and Fournier, G. and Metallidis, S. and Bashiardes, S. and Haukland, M. and Turtle, L. and Enkirch, T. and Ličková, M. and Bartolini, B. and Castilletti, C. and Karlberg, M. L. and Onofri,  and Underwood, A. and Popa, Alexandra Mariela and Klempa, B. and Wyles, M. and Novotný, A. and Whitehead, M. and Smyth, M. and Yakovleva, A. and Schuster, M. and Garcia-Cehic, D. and Senekowitsch, M. and Beisel, C. and Tucker, R. and Izopet, J. and Penz, T. and Williams, R. and Gioula, G. and Shevtsov, A. and Exindari, M. and Macek, M. and Ramanculov, Y. and Chatzidimitriou, D. and Geryk, J. and Hubáček, P. and Dřevínek, P. and Williams, T. C. and Melchionda, F. and Kvapil, P. and Tesovic, B. and Brandt, J. and Holub, M. and Walsh, S. and Kvapilová, K. and Menzo, S. and Kašný, M. and Rupnik, M. and Klempt, P. and Wittner, A. and Strelow, D. and Senff, T. and Bodnev, S. A. and Isidro, J. and Antonets, D. and Gomes, J. P. and Timm, J. and Guiomar, R. and Young, G. R. and Yew, W. C. and Moore, N. and Costa, I. and Pfeffer, K. and Muenchhoff, M. and Duarte, S. and Ozdarendeli, A. and Pavel, S. T. I. and Antwerpen, M. and Dalimova, D. and Shchetinin, A. and Watkins, J. and Behillil, S. and Pancer, K. and Di Sante, L. and Thürmer, A. and Genger, J.-W. and Aberle, S. W. and Lercher, A. and de Oliveira Martins, L. and Endler, L. and Advani, A. and Yasir, M. and Moore, C. and Broddesson, S. and Laine, J. and Kalendar, R. and Sergeeva, M. and Marcello, A. and Viet, T. L. and Stefanelli, P. and Graf, A. and Keppler, O. T. and Martí-Carreras, Joan and Krebs, S. and Anton, A. and Wright,  and Andres, C. and Mancini, N. and Spellman, K. and D'Agaro, P. and Mahnic, A. and Laubscher, F. and Michel, J. and Southgate, J. A. and Licastro, Danilo and Clementi, N. and Nitsche, A. and Taylor, B. and Brož, P. and Williams, R. J. and Houwaart, T. and Briksí, A. and Rainbow, L. and Williams, C. A. and Tutill, H. J. and Jensen, B.-E. O. and Hülse, L. and Paterson, S. and Hauka, S. and Feldt, T. and Keitel,  and McCluggage, K. and Anthony, C. and Kindgen-Milles, D. and Ariën, K. and Dilthey, A. T. and Bienkowska-Szewczyk, K. and de Cesare, M. and Vamos, E. E. and Borges,  and Holyavkin, C. and Maes, P. and Quick, J. and Gushchin,  and Sloan, T. and Dinler-Doganay, G. and Nelson, C. A. and Doganay, L. and Abdullaev, A. and Kizilboga-Akgun, T. and Shepherd, J. G. and Karacan, I. and Workman, T. and Abdurakhimov, A. and Caucci, S. and Alessandrini, F. and Dürrwald, R. and Thomson, E. and Drechsel, O. and Bagnarelli, P. and Shah, R. and Voulgari-Kokota, A. and Yazici, M. K. and Fuchs, S. and Kmiecinski, R. and Robertson, D. L. and Meredith, L. W. and Agerer, B. and Parr, Y. A. and Smollett, K. and Virtanen, J. and Tong, L. and Jiménez, P. and Jiménez, M. and Bock, C. and Zana, B. and Urbán, P. and Phillips, N. and Fernández, S. M. and Bergthaler, A. and Zeghbib, S. and Price,  and Fernández, S. and McCrone, J. T. and Tóth, G. E. and Fadeev, A. and Maksimovic, J. and Payne, B. and Sethi, D. K. and Ivanova, A. and Potter, W. and Marchbank, A. and Blum, H. and Stanley, R. and Estee Torok, M. and Prakash, R. and Hall, G. and Smith, D. and Todd, J. A. and Ledesma, J. and Lucaci, A. and Trebes, A. and Ek, Broberg and Nomikou, K. and Hamilton, W. L. and Adams, O. and Niebel, M. and Andree, M. and Gemmell, M. R. and Eccles, R. and Miah, S. and Rey, S. and Gregory, R. and Haldenby, S. and Mookerjee, S. and Cevik, C. and Aydin, G. and Hughes,  and Platt, S. and Curran,  and Green, L. R. and Perry, M. and Nelson, A. and Feltwell, T. and Pacchiarini, N. and Lynch, J. and Halstead, F. D. and Jahun, A. S. and Georgana, I. and Rudder, S. J. and Goodfellow, I. and Trotter, A. J. and Casas, I. and Gavriil, A. and Caballero, M. I. and Fisher, C. and Ludden, C. and Edgeworth, J. and Page, A. J. and Thomson, N. M. and Mohamed, H. and O'Toole, Aine and Kidd, S. P. and Mbisa, J. L. and Cortes, N. and Tedim, Ana P. and Duckworth, N. and Afifi, S. and Sang, F. and Beer, R. and George, R. P. and Patrick Mcclure, C. and Eltringham, G. and Mair, D. and Morgan, M. and Hughes, J. and Li, K. K. and Abudahab, K. and Mather, A. E. and Johnson, N. and Jesudason, N. and Smith, W. and Parker, M. and Baker, D. and O'Grady, J. and Partridge, D. G. and Dewar, R. and Rooke, S. and Holmes, A. and Ahmad, S. S. Y. and Eb, Hodcroft and Awan, A. R. and Dervisevic, S. and Graham, J. C. and Brunker, K. and Roy, S. and Panchbhaya, Y. and Stockton, J. and Brown,  and Gatica-Wilcox, B. and Gilbert, L. and Poplawski, R. and Aranday-Cortes, E. and Kumžiene-Summerhayes, S. and Chauhan, A. and Pandey, S. and Rowe, W. P. M. and Elliott, S. and Machin, N. W. and Glaysher, S. and Pinckert, M. L. and Lackenby, A. and Carmichael, S. and Meader, E. J. and Rambaut, A. and Evans, J. and Broos, Alice and Mestek-Boukhibar, L. and Corden, S. and Gaskin, A. and Coombs, J. and Bolt, F. and Graham, L. J. and Cottrell, S. and Gifford, L. and Kolyva, A. and Pybus, O. and Nicholls, S. and Kay, G. L. and Scarlett, Garry and Bull, M. and Robson, Samuel Charles and Andersson, M. and Gilroy, R. and Kingsley, R. A. and Birchley, A. and Gutierrez, A. and Tsoleridis, Theocharis and Diaz, M. and Parsons, P. J. and Nichols, J. and Group, Who European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV and Butcher, E. and Loose, M. and Bicknell, K. and Clark, G. and Lister, M. M. and Howson-Wells, H. C. and Debebe, J. and Bibby, D. and Peacock, S. J. and Khakh, M. and Popovici, O. and Holmes, N. and Adams, A. G. and Liggett, S. and Fleming, V. M. and Gallagher,  and McHugh,  and Pogka,  and Evans, C. and Menger, K. E. and Essex, S. and Lopez, C. E. B. and Aydin, A. and Keeley, A. J. and Mihaela, L. and Dervisavic, S. and Alikhan, N.-F. and Kristiansen, M. and Mentis, A. F. and Findlay, J. and Forrest, L. and Loman, N. J. and Adriaenssens, E. M. and Suvanto, M. and Dyal, P. and Sreenu, V. B. and Ball, J. and Terhes, G. and Carlile, M. and Khokhar, F. and Gisaid, EpiCoV group and Hosmillo, M. and Chappell, Joseph and Chaudhry, Y. and Somogyi, B. and Davidson, R. K. and Nguyen, P. T. and Griffith, L. and Jackson, B. and Baker, P. and Papp, H. and Colquhoun, R. and Hill,  and Group*, Who European Region sequencing laboratories and Macintyre-Cockett, G. and Pereszlényi, C. I. and Bashton, M. and Darby, A. and Jackson, K. A. and Iturriza-Gomara, M. and Angyal, A. and Loveson, Katie F. and Green, A. and Taylor, S. and Nagy, Á. and Lindsey, B. and Golubchik, T. and Groves, D. C. and Manso, C. F. and Nowotny, N. and Grammatopoulos, D. and Harrison, E. and Caller, L. G. and Gunson, R. and Gonzalez, G. and Gisaid, EpiCoV group* and Asamaphan, P. and Fuller, W. and Martinez-Priego, Llúcia and Martinez-Gonzalez, B. and Kossyvakis, A. and Aanensen, D. and Buck, D. and Karamitros, T. and Bonsall, D. and Kalliaropoulos, A. and Horefti, E. and Kontou, A. and Labropoulou,  and Beckett, Angela and Evangelidou, M. and Barnes,  and Lambrechts, L. and Doymaz, M. Z. and Karaaslan, E. and Carr, M. and Kallio-Kokko, H. and Brytting, M. and Bresner, C. and Ellonen, P. and Hannula, S. and Kangas, H. and Gombos, K. and Gyenesei, A. and Bizta, P. and Herczeg, R. and Belimezi, M. and Jakab, F. and Madai, M. and Kemenesi, G. and Cetin, N. S. and Kuczmog, A. and Földes, F. and Lanszki, Z. and Burián, K. and Loney, T. and Dudás, G. and Csoma, E. and Gonzalez-Candelas, F. and Babinszky, G. C. and Abou Tayoun, A. N. and Ab, Komissarov and Alsheikh-Ali, A. A. and Abdul-Wahab, O. and Andersen, M. H. and And, Dmitriy Pereyaslov},
  doi = {10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410},
  journal = {Eurosurveillance},
  month = {aug},
  title = {Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.},
  url = {https://doi.org/10.2807/1560-7917.es.2020.25.32.2001410},
  volume = {25},
  year = {2020}
}

Download

Export citation

Search in Google Scholar

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

Journal article published in 2020 by Á. O'Toole, S. Zakotnik, Tomaž Mark Zorec

, H. Vennema, G. de Marco, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group* Who, J. Vecerova, S. Posada-Céspedes, O. Vugrek, I. Topolsky, European Region sequencing laboratories Who, M. Poljak, K. Stene-Johansen, C. Reusken, L. Ruiz-Roldán and other authors. Á. O'Toole, S. Zakotnik, Tomaž Mark Zorec

, H. Vennema, G. de Marco, European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV group* Who, J. Vecerova, S. Posada-Céspedes, O. Vugrek, I. Topolsky, European Region sequencing laboratories Who, M. Poljak, K. Stene-Johansen, C. Reusken, L. Ruiz-Roldán, Dmitriy Pereyaslov, M. Torres-Puente, S. Yadahalli, P. Ruíz-Hueso, M. Zaheri, Paula Ruiz-Rodriguez

, K. Polackova, Thomas Connor, S. van der Werf, J. Richter, Sebastian Maurer Stroh, M. C. Walter, C. Tryfonos, Emma B. Hodcroft

, M. Ustinova, A. K. Wienecke-Baldacchino, F. Stefani, Angeliki Melidou, S. G. Rimoldi, K. P. Jablonski, A. Meijer, F. Romeri, F. Salerno, P. F. Ferreira, S. Polesello, M. Korva

, Andrey B. Komissarov, T. Schär, L. Martínez-Priego, Richard A. Neher, O. Hungnes, F. Rokić, L. Trgovec-Greif, T. Rukavina, N. Sučić, N. García-González, K. Schønning, Á. Chiner-Oms, E. A. Sørensen, I. Comas, M. G. López, M. Zajac, T. Sørensen, G. A. Goig, C. Petersen, M. N. Skov, G. D'Auria, Pedersen, M. Rasmussen, O. Vapalahti, L. Ferrús-Abad, I. Galan-Vendrell, O. Pyankov, M. Coscollá, T. Tregubchak, A. Nagy, A. N. Shvalov, L. Novakova, L. Kramna, P. C. Resende, N. S. Zuckerman, O. Cinek, M. Murtskhvaladze, L. Vieira, A. Perrin, G. Krashias, C. A. Russell, Neher Ra, S. Turdikulova, S. Schmutz, D. Koptides, C. Christodoulou, A. Trkola, C. E. Gruber, C. Turchi, A. Di Caro, Rovite, T. Y. Michaelsen, O. Savicka, H. Jirincova, C. Ragimbeau, S. Cordey, Erik Alm, N. Kotaria, M. Sláviková, Eeva K. Broberg, I. Jurak, E. Staroňová, E. Tichá, T. Wienemann, T. Szemes, D. Rusňáková, D. Vidanovic, S. M. Karst, T. Stadler, R. H. Kirkegaard, J. Volkening, J. Quer, S. Knutson, N. Beerenwinkel, María Piñana

, A. Walker, T. Pumarola, Le-Quy, M. K. Vasconcelos, H. Yetiskin, S. L. Larsen, T. Avšič-Županc, R. A. Maksyutov, A. Papa, J. Fonager, S. Pappa, K. Bragstad, A. Fomsgaard, E. Gavrilova, Uygut, M. von Kleist, S. Goya, T. Smura, I. Cancino-Muñoz, Bracho, T. Wolff, J. Mossong, T. Sironen, R. T. Lee, P. Selhorst, A. X. Han, E. Simon-Loriere, Á. Zaballos, T. Wawina-Bokalanga, Kufner, B. Vanmechelen, L. Rabalski, M. Huber, M. Wedde, I. C. de la Plaza, F. Gambaro, S. Carbó-Ramirez, Enouf, A. da Silva Filipe, F. Donati, K. Pyrc, P. Pechirra, J. Klovins, O. K. Lindsjö, A. Tagliabracci, C. Yeats, G. Fournier, S. Metallidis, S. Bashiardes, M. Haukland, L. Turtle, T. Enkirch, M. Ličková, B. Bartolini, C. Castilletti, M. L. Karlberg, Onofri, A. Underwood, Alexandra Mariela Popa

, B. Klempa, M. Wyles, A. Novotný, M. Whitehead, M. Smyth, A. Yakovleva, M. Schuster, D. Garcia-Cehic, M. Senekowitsch, C. Beisel, R. Tucker, J. Izopet, T. Penz, R. Williams, G. Gioula, A. Shevtsov, M. Exindari, M. Macek, Y. Ramanculov, D. Chatzidimitriou, J. Geryk, P. Hubáček, P. Dřevínek, T. C. Williams, F. Melchionda, P. Kvapil, B. Tesovic, J. Brandt, M. Holub, S. Walsh, K. Kvapilová, S. Menzo, M. Kašný, M. Rupnik, P. Klempt, A. Wittner, D. Strelow, T. Senff, S. A. Bodnev, J. Isidro, D. Antonets, J. P. Gomes, J. Timm, R. Guiomar, G. R. Young, W. C. Yew, N. Moore, I. Costa, K. Pfeffer, M. Muenchhoff, S. Duarte, A. Ozdarendeli, S. T. I. Pavel, M. Antwerpen, D. Dalimova, A. Shchetinin, J. Watkins, S. Behillil, K. Pancer, L. Di Sante, A. Thürmer, J.-W. Genger, S. W. Aberle, A. Lercher, L. de Oliveira Martins, L. Endler, A. Advani, M. Yasir, C. Moore, S. Broddesson, J. Laine, R. Kalendar, M. Sergeeva, A. Marcello, T. L. Viet, P. Stefanelli, A. Graf, O. T. Keppler, Joan Martí-Carreras

, S. Krebs, A. Anton, Wright, C. Andres, N. Mancini, K. Spellman, P. D'Agaro, A. Mahnic, F. Laubscher, J. Michel, J. A. Southgate, Danilo Licastro

, N. Clementi, A. Nitsche, B. Taylor, P. Brož, R. J. Williams, T. Houwaart, A. Briksí, L. Rainbow, C. A. Williams, H. J. Tutill, B.-E. O. Jensen, L. Hülse, S. Paterson, S. Hauka, T. Feldt, Keitel, K. McCluggage, C. Anthony, D. Kindgen-Milles, K. Ariën, A. T. Dilthey, K. Bienkowska-Szewczyk, M. de Cesare, E. E. Vamos, Borges, C. Holyavkin, P. Maes, J. Quick, Gushchin, T. Sloan, G. Dinler-Doganay, C. A. Nelson, L. Doganay, A. Abdullaev, T. Kizilboga-Akgun, J. G. Shepherd

, I. Karacan, T. Workman, A. Abdurakhimov, S. Caucci, F. Alessandrini, R. Dürrwald, E. Thomson, O. Drechsel, P. Bagnarelli, R. Shah, A. Voulgari-Kokota, M. K. Yazici, S. Fuchs, R. Kmiecinski, D. L. Robertson, L. W. Meredith, B. Agerer, Y. A. Parr, K. Smollett, J. Virtanen, L. Tong, P. Jiménez, M. Jiménez, C. Bock, B. Zana, P. Urbán, N. Phillips, S. M. Fernández, A. Bergthaler, S. Zeghbib, Price, S. Fernández, J. T. McCrone, G. E. Tóth, A. Fadeev, J. Maksimovic, B. Payne, D. K. Sethi, A. Ivanova, W. Potter, A. Marchbank, H. Blum, R. Stanley, M. Estee Torok, R. Prakash, G. Hall, D. Smith, J. A. Todd, J. Ledesma

, A. Lucaci, A. Trebes, Broberg Ek, K. Nomikou, W. L. Hamilton, O. Adams, M. Niebel, M. Andree, M. R. Gemmell, R. Eccles, S. Miah, S. Rey, R. Gregory, S. Haldenby, S. Mookerjee, C. Cevik, G. Aydin, Hughes, S. Platt, Curran, L. R. Green, M. Perry, A. Nelson, T. Feltwell, N. Pacchiarini, J. Lynch, F. D. Halstead, A. S. Jahun, I. Georgana, S. J. Rudder, I. Goodfellow, A. J. Trotter, I. Casas, A. Gavriil, M. I. Caballero, C. Fisher, C. Ludden, J. Edgeworth, A. J. Page, N. M. Thomson, H. Mohamed, Aine O'Toole, S. P. Kidd, J. L. Mbisa, N. Cortes, Ana P. Tedim

, N. Duckworth, S. Afifi, F. Sang, R. Beer, R. P. George, C. Patrick Mcclure, G. Eltringham, D. Mair, M. Morgan, J. Hughes, K. K. Li, K. Abudahab, A. E. Mather, N. Johnson, N. Jesudason, W. Smith, M. Parker, D. Baker, J. O'Grady, D. G. Partridge, R. Dewar, S. Rooke, A. Holmes, S. S. Y. Ahmad, Hodcroft Eb, A. R. Awan, S. Dervisevic, J. C. Graham, K. Brunker, S. Roy, Y. Panchbhaya, J. Stockton, Brown, B. Gatica-Wilcox, L. Gilbert, R. Poplawski, E. Aranday-Cortes, S. Kumžiene-Summerhayes, A. Chauhan, S. Pandey, W. P. M. Rowe, S. Elliott, N. W. Machin, S. Glaysher, M. L. Pinckert, A. Lackenby, S. Carmichael, E. J. Meader, A. Rambaut, J. Evans, Alice Broos

, L. Mestek-Boukhibar, S. Corden, A. Gaskin, J. Coombs, F. Bolt, L. J. Graham, S. Cottrell, L. Gifford, A. Kolyva, O. Pybus, S. Nicholls, G. L. Kay, Garry Scarlett, M. Bull, Samuel Charles Robson, M. Andersson, R. Gilroy, R. A. Kingsley, A. Birchley, A. Gutierrez, Theocharis Tsoleridis

, M. Diaz, P. J. Parsons, J. Nichols, Who European Region sequencing laboratories and Gisaid EpiCoV Group, E. Butcher, M. Loose, K. Bicknell, G. Clark, M. M. Lister, H. C. Howson-Wells, J. Debebe, D. Bibby, S. J. Peacock, M. Khakh, O. Popovici, N. Holmes, A. G. Adams, S. Liggett, V. M. Fleming, Gallagher, McHugh, Pogka

, C. Evans, K. E. Menger, S. Essex, C. E. B. Lopez, A. Aydin, A. J. Keeley, L. Mihaela, S. Dervisavic, N.-F. Alikhan, M. Kristiansen, A. F. Mentis, J. Findlay, L. Forrest, N. J. Loman, E. M. Adriaenssens, M. Suvanto, P. Dyal, V. B. Sreenu, J. Ball, G. Terhes, M. Carlile, F. Khokhar, EpiCoV group Gisaid, M. Hosmillo, Joseph Chappell

, Y. Chaudhry, B. Somogyi, R. K. Davidson, P. T. Nguyen, L. Griffith, B. Jackson, P. Baker, H. Papp, R. Colquhoun, Hill, Who European Region sequencing laboratories Group*, G. Macintyre-Cockett, C. I. Pereszlényi, M. Bashton, A. Darby, K. A. Jackson, M. Iturriza-Gomara, A. Angyal, Katie F. Loveson, A. Green, S. Taylor, Á. Nagy, B. Lindsey, T. Golubchik, D. C. Groves, C. F. Manso, N. Nowotny, D. Grammatopoulos, E. Harrison, L. G. Caller, R. Gunson, G. Gonzalez, EpiCoV group* Gisaid, P. Asamaphan, W. Fuller, Llúcia Martinez-Priego

, B. Martinez-Gonzalez, A. Kossyvakis, D. Aanensen, D. Buck, T. Karamitros, D. Bonsall, A. Kalliaropoulos, E. Horefti, A. Kontou, Labropoulou, Angela Beckett

, M. Evangelidou, Barnes, L. Lambrechts, M. Z. Doymaz, E. Karaaslan, M. Carr, H. Kallio-Kokko, M. Brytting, C. Bresner, P. Ellonen, S. Hannula, H. Kangas, K. Gombos, A. Gyenesei, P. Bizta, R. Herczeg, M. Belimezi, F. Jakab, M. Madai, G. Kemenesi, N. S. Cetin, A. Kuczmog, F. Földes, Z. Lanszki, K. Burián, T. Loney, G. Dudás, E. Csoma, F. Gonzalez-Candelas, G. C. Babinszky, A. N. Abou Tayoun, Komissarov Ab, A. A. Alsheikh-Ali, O. Abdul-Wahab, M. H. Andersen, Dmitriy Pereyaslov And

Show less

This paper is made freely available by the publisher.

Full text: Download

Preprint: archiving allowed

Upload

Postprint: archiving allowed

Upload

Published version: archiving allowed

Upload

Policy details

Data provided by

Abstract

We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2.

Published in

Links

Tools

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

Abstract