RESUMO: Objetivo: Descrever aspectos metodológicos e operacionais de um estudo epidemiológico e de avaliação da Rede Cegonha em Santa Catarina, Brasil. Métodos: A pesquisa realizada em 2019 foi composta de dois subestudos. No primeiro, cujo desenho foi epidemiológico e que analisou os cuidados recebidos no pré-natal, parto e puerpério imediato por gestantes, puérperas e crianças no Sistema Único de Saúde (SUS), são descritos os instrumentos de coleta dos dados e a organização da etapa de campo do estudo. O segundo foi uma avaliação normativa da gestão municipal na atenção ao pré-natal e puerpério no âmbito da Rede Cegonha. Iniciou-se com um estudo de avaliabilidade, seguido da avaliação propriamente dita. São descritas as diferentes estratégias metodológicas adotadas, com o envolvimento de stakeholders e especialistas. Resultados: A taxa de participação das mulheres entrevistadas no subestudo epidemiológico foi de 97,7%. Mulheres residentes em 82,7% dos municípios catarinenses foram entrevistadas. A amostra foi semelhante ao registrado no Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos (SINASC) para o mesmo período, e o perfil da subamostra entrevistada após seis meses foi semelhante ao da amostra global. O estudo avaliativo desenvolveu e aplicou modelo com 32 indicadores, que permitiu analisar a gestão sob dois aspectos: político-organizacional e tático-operacional. Contou com a adesão de 204 municípios catarinenses (69,1%), avaliados segundo o porte populacional. Conclusão: A disponibilização de procedimentos metodológicos que possibilitem a articulação de estudos da epidemiologia e da avaliação em saúde permite gerar informações mais precisas e completas para contribuir para o delineamento e a avaliação de políticas, programas e ações de saúde do SUS.