El objetivo del estudio fue aislar y caracterizar fenotípica y molecularmente al patógeno Edwardsiella anguillarum, así como determinar las lesiones anatomo-histopatológicas en tilapia (Oreochromis niloticus) cultivada con tecnología biofloc en la zona norte de Lima, Perú. Se trabajó con cinco cepas bacterianas aisladas y caracterizadas mediante técnicas bioquímicas convencionales y por el sistema API 20E. Se identificó E. anguillarum a partir de órganos internos mediante las técnicas bioquímica y molecular. Los signos clínicos externos más frecuentes fueron exoftalmia bilateral, eritema en aletas pectorales y alrededor del ano. Internamente se apreció nodulaciones blanquecinas en el corazón e hígado. El estudio histopatológico reveló necrosis en lamelas branquiales, bazo, intestino, riñón posterior y gónada, así como presencia de reacción inflamatoria de tipo granulomatosa en corazón, hígado, bazo, riñón y gónadas. Las cepas evaluadas presentaron metabolismo fermentativo de glucosa y positividad ante las pruebas de rojo de metilo, producción de sulfuro de hidrógeno, indol y ácido a partir de manitol. Los aislados fueron confirmados por la técnica de PCR y secuenciación del gen 16S ARNr. Todas las cepas presentaron sensibilidad a los antibióticos ácido nalidíxico, florfenicol, gentamicina, kanamicina, flumequina, oxitetraciclina y sulfatrimetoprim.