La bioacústica permite monitorear murciélagos difícilmente detectados con métodos tradicionales, como las redes de niebla, y permiten obtener información sobre diferentes aspectos de la biología de las especies de estudio. En los últimos años se ha incrementado el interés por la aplicación de estos métodos y, en consecuencia, ha sido rápido el desarrollo de los equipos de grabación ultrasónica y las herramientas de análisis. Sin embargo, en el Neotrópico la bioacústica de murciélagos está en etapa de crecimiento en algunos países y apenas ahora está apareciendo en otros, por lo cual es necesario fortalecer este campo para estudiar la alta diversidad taxonómica y funcional de la región. En este contexto, es indispensable contar con bibliotecas de señales acústicas, que sirvan como referencia para identificar, validar y comparar las grabaciones de diferentes especies y localidades. Algunos países del Neotrópico han avanzado en este proceso y están construyendo estas bibliotecas de referencia. En Colombia, el trabajo a futuro implica un reto, debido a las más de 200 especies de murciélagos presentes. Este trabajo presenta las bases metodológicas para tomar grabaciones de referencia de murciélagos en Colombia y generar una guía para aquellos que se están iniciando en este campo de investigación.