Objetivo: descrever a experiência de elaboração de Guia sobre isolamento em coorte de pacientes no contexto da pandemia de Coronavírus em uma rede de hospitais públicos de ensino brasileiros. Método: relato de experiência, baseado na observação da construção de Guia sobre isolamento em coorte nos hospitais, desenvolvido durante os meses de julho e agosto de 2020 pelas equipes das Unidades de Vigilância em Saúde, Segurança do Paciente e Gestão da Qualidade dos hospitais, durante a pandemia. Resultados: descreveu-se o processo de elaboração do Guia, apresentado segundo espaços de inovação e as 14 seções relacionadas à coorte de pacientes, baseadas nas recomendações vigentes. Conclusões: este relato de experiência poderá subsidiar outras instituições na adequação dos fluxos dos pacientes isolados por coorte de Coronavírus de forma segura e efetiva.