A pesquisa tem o objetivo de analisar o perfil epidemiológico das malformações congênitas em um estado do Nordeste brasileiro no período de 2009 a 2018. Apresenta uma abordagem quantitativa com o tipo de estudo ecológico, descritivo e retrospectivo. Foram identificados 3.269 nascimentos com malformações congênitas com taxas variando de 4,99 a 7,69 por 1.000 nascidos vivos, os dados sociodemográficos evidenciaram que a faixa etária materna foi de 20 a 29 anos (47,3%), com 8 a 11 anos de estudos (46,9%), solteiras (43,3%), com mais de 7 consultas de pré-natal (44,4%), gestação única (96,8%) e predominância do parto Cesário (62,3%). Em relação ao perfil dos nascimentos com malformações congênitas o sexo masculino foi prevalente em 55,7% dos casos, a cor parda com 88,8% e em sua maioria nascidos atermo (72,3%), o apgar no 1º e 5º minuto foi de 8 a 10. O tipo mais incidente de malformações observados estava relacionado ao sistema osteomuscular, nervoso e geniturinário com percentuais de 44,8%, 15,9% e 10,3%, respectivamente. Conclui-se que no período estudado houve aumento gradual das taxas de malformações congênitas e esses dados permitem subsidiar investigações clínicas das possíveis causas dessa morbidade, além de contribuir para implementação de medidas preventivas com ações intersetoriais e multidisciplinares.