Los humedales son ecosistemas frágiles e importantes que, a pesar de su gran biodiversidad, se conoce poco sobre la diversidad de mamíferos. Por ello, en este estudio se documenta la diversidad y abundancia de los mamíferos pequeños de cuatro humedales de la costa central peruana: Albufera de Medio Mundo, Refugio de vida silvestre Pantanos de Villa, Ensenada San Antonio y Caucato. Se realizó una evaluación convencional con trampas y redes, complementada con el método acústico. El esfuerzo de muestreo fue de 4651 trampas/noche, 145 redes/noche y 48 horas/detector. Registramos 5 especies nativas de roedores, 3 roedores introducidos, 12 murciélagos y un marsupial. El roedor Akodon mollis y los murciélagos Nyctinomops laticaudatus y N. macrotis son primeros registros para el departamento de Lima. El cuy silvestre se distribuye en el centro y sur de la costa y confirmamos la presencia del marsupial Didelphis pernigra a nivel del mar. La mayoría de los humedales están fuertemente impactados por la alta abundancia relativa de roedores introducidos, especialmente de Mus musculus y Rattus rattus. La diversidad β fue moderada a pesar de la relativa cercanía entre los humedales. Resaltamos la alta diversidad de mamíferos pequeños nativos en los humedales y alertamos sobre el impacto que los roedores introducidos pueden producir sobre la sobrevivencia de las demás especies. Además, hipotetizamos que la fauna nativa aquí reportada estuvo presente en la región de Lima al menos todo el periodo republicano. Estos humedales requieren protección continua, monitoreo e implementación de medidas de restauración para asegurar la conservación de su biota.