Esta pesquisa apresenta percepções de licenciandos em Ciências Biológicas sobre as dificuldades e estratégias de transposição didática para ensinar embriologia na Educação Básica. Realizamos entrevistas semiestruturadas com quinze estudantes desse curso em uma universidade estadual do sul da Bahia e os dados foram analisados com base na metodologia de Análise Textual Discursiva (MORAES; GALIAZZI, 2006). Nossa pesquisa mostrou que os licenciandos apontaram em maior frequência a contextualização, os recursos visuais, jogos e modelos didáticos como as estratégias que consideram importantes para o ensino de embriologia. Sobre os obstáculos, assinalaram, sobretudo, a complexidade, a dificuldade de visualização das estruturas e o alto nível de abstração dos conteúdos, além da falta de recursos adequados para as aulas. Observamos que, apesar de os licenciandos compreenderem que a embriologia enfrenta grandes dificuldades para ser trabalhada na escola, eles também apresentam ideias consistentes sobre a transposição dos conhecimentos nessa área. Assim, acreditamos que esses dados são importantes, pois podem contribuir para melhorias no ensino do componente curricular Embriologia nos cursos de graduação, especialmente na licenciatura, visto que poderiam contemplar melhor as necessidades e especificidades dos futuros professores.