Introducción. Debido a la actual pandemia por COVID-19, muchos países tomaron medidas de control y prevención como el confinamiento obligatorio, y los futbolistas profesionales no fueron la excepción; este tipo de medidas puede tener un impacto negativo en su bienestar y en su percepción sobre las cargas de entrenamiento. Objetivo. Determinar los efectos de las medidas de confinamiento por COVID-19 en la percepción de las cargas de entrenamiento y el grado de bienestar de jugadoras de fútbol profesional de Chile. Materiales y métodos. Estudio transversal, exploratorio-descriptivo realizado en 32 jugadoras de la selección nacional de fútbol de Chile. La percepción de la carga de entrenamiento y el grado de bienestar se evaluaron mediante la escala de percepción subjetiva del esfuerzo (PSE), y un cuestionario desarrollado en 2010, respectivamente. Tanto la aplicación del cuestionario, como el registro continuo de la PSE se realizaron en dos periodos de 12 semanas: periodo preparatorio regular (12/12/2019-10/03/2020) y periodo de confinamiento (16/03/2020-07/06/2020). Los datos se analizaron mediante estadística descriptiva y la prueba de Wilcoxon se utilizó para determinar si hubo diferencias significativas entre ambos periodos. Resultados. Se encontraron diferencias significativas (p<0.05) y umbrales de tamaño del efecto (TE)=1.2, 2.0 y 4.0 (grande, muy grande y extremadamente grande, respectivamente) entre ambos periodos en todas las variables evaluadas por el cuestionario de bienestar (a excepción de calidad de sueño): dolor muscular y nivel de estrés (TE=1.9), fatiga percibida (TE=2.5), bienestar general (TE=2.4) y estado de ánimo (TE=4.2). No se observaron diferencias en la percepción de la carga de entrenamiento (TE=0.1) entre ambos periodos. Conclusión. El confinamiento obligatorio afectó negativamente el grado de bienestar de las participantes, por lo que es necesario que los cuerpos técnicos monitoreen constantemente, de manera individual y colectiva, el grado de bienestar de los futbolistas profesionales durante el confinamiento; si bien la percepción en la carga de entrenamiento no se vio afectada, no es posible asegurar que un periodo mayor de confinamiento no la disminuya y esto resulte en una baja del rendimiento.