Entre os organismos aquáticos as microalgas merecem destaque, porque respondem prontamente às alterações dos corpos de água. O presente estudo objetivou conhecer a estrutura da comunidade fitoplanctônica no reservatório Canoas, Ceará, Brasil, analisando sua relação com os fatores ambientais, em diferentes períodos (seco e chuvoso). As amostras foram coletadas mensalmente em três pontos amostrais. As amostras para análise físico-químicas foram obtidas com auxílio de uma garrafa coletora do tipo Van Dorn de 3,5 litros. Para a quantificação do fitoplâncton, as amostras foram coletadas da subsuperfície, fixadas com lugol, analisadas e contadas segundo o método de Utermöhl, utilizando-se microscópio invertido ZeissAxiovert. Foram determinadas as densidades, espécies dominantes e abundantes, índice de diversidade e equitabilidade. Para testar a significância entre as densidades do fitoplâncton e as variáveis ambientais utilizou-se o teste de Shapiro-Wilk e a correlação de Pearson. As Cyanophyceae apresentaram as maiores densidades, em especial as espécies de Cylindrospermopsis raciborskii e Pseudanabaena catenata, nos dois períodos. Entre os táxons, apenas duas espécies foram consideradas dominantes e cinco abundantes. A comunidade fitoplanctônica revelou uma diversidade específica considerada baixa e a equitabilidade apresentou uma distribuição não uniforme (66,6%), confirmando o domínio de poucas espécies. Algumas variáveis físico-químicas influenciaram a estrutura da comunidade fitoplanctônica, foi observada correlação significativa (p< 0,05). As maiores densidades observadas de Cyanobacteria alertam possíveis riscos à saúde pública, visto que esse reservatório é utilizado para o abastecimento público, sendo relevante o monitoramento para prevenir e minimizar possíveis transtornos que possam ocorrer pela presença da grande concentração desses organismos na água.