A jureminha (Desmanthus virgatus L.) é uma leguminosa forrageira, nativa do Nordeste brasileiro. Em Sergipe é encontrada na zona da mata, agreste e no semiárido. É rica em proteína, sendo uma alternativa promissora para agropecuária. Os acessos mantidos em bancos de germoplasma são fontes de variabilidade genética para os programas de melhoramento, sendo a caracterização molecular importante ferramenta na identificação de duplicatas e seleção de genótipos. O objetivo do trabalho foi estimar a diversidade genética de Desmanthus virgatus L. nativos de mesorregiões do estado de Sergipe, Brasil. Foram utilizadas folhas jovens de 242 indivíduos, coletadas em três regiões ecogeográficas do estado de Sergipe (zona da mata, agreste e semiárido). Foram utilizados 16 iniciadores RAPD que geraram 109 fragmentos, com 96,33% de polimorfismo. A maior variabilidade foi observada dentro das mesorregiões. Foi possível identificar onze grupos distintos por meio dos agrupamentos UPGMA e seis grupos pela ACoP. Por meio da análise bayesiana (K=4) verificou-se que existe mistura de material genético entre os acessos provenientes das regiões da zona da mata e agreste. Os marcadores utilizados foram eficientes para verificar a alta variabilidade genética existente em indivíduos de jureminha em Sergipe.