Objetivou-se avaliar os efeitos do uso de diferentes fontes e quantidades de dejetos suínos sobre os teores de carbono (C) e nitrogênio (N) totais e das frações granulométricas da matéria orgânica (MO) dos agregados biogênicos e fisiogênicos do solo. Coletaram-se amostras de solo nas profundidades 0-5 e 5-10 cm nos tratamentos sem aplicação de dejetos (Testemunha), com aplicação de dejeto líquido de suínos (DLS) e cama sobreposta de suínos (CSS) em dose equivalente a uma e duas vezes a recomendação de N para o milho e aveia (DLS1X, DLS2X, CSS1X e CSS2X, respectivamente). Os agregados foram separados conforme a via de formação (biogênicos e fisiogênicos). Posteriormente, foram quantificados o C e N totais e das frações da MO. A aplicação de CSS aumentou o C e N dos agregados e das frações granulométricas. A aplicação dos dejetos suínos aumentou o C e N em agregados biogênicos em comparação aos fisiogênicos.