O objetivo deste estudo foi otimizar e estabelecer um protocolo visando elevar a qualidade e quantidade do ácido desoxirribonucleico (DNA) extraído de folhas, em diferentes estágios de desenvolvimento e conservação, coletadas em plantas adultas e plantas jovens. Além disso, almejou-se padronizar a amplificação via reação de polimerase em cadeia (PCR) e selecionar os marcadores de inter sequência simples repetida (ISSR) de Elaeis guineensis (dendezeiro). O protocolo brometo de cetiltrimetilamônio (CTAB) modificado, devido à suplementação com betamercapto etanol (0,3%) e polivinilpirrolidone (PVP) (3%) no tampão de extração e CTAB 10% com 1,4 M de NaCl a 20 min de incubação, a 650C, resultou em melhorias qualitativas e quantitativas na extração do DNA, mas com variações entre amostras, provavelmente, devido às variações na degradação e estágio de desenvolvimento das folhas. Foram utilizados dois protocolos de PCR (I e II) para a amplificação do DNA, os quais diferiram principalmente com relação à presença de albumina de soro bovino (BSA) e concentração de primer. Não foi realizada a correlação entre amplificação via PCR e qualidade de DNA, obtidos de folhas danificadas ou sadias, mas se observou que a adição de BSA (0,075 mg/mL) e o aumento na concentração de primer (0,5 pcmol) (protocolo II) resultou em bandas mais intensas e distinguíveis, porém se ressalta que a qualidade do DNA foi essencial para uma boa amplificação, considerando-se todas as amostras. A amplificação do DNA com o protocolo II possibilitou a seleção de cinco primers: UBC 807, 810, 812, 834 e 848; os quais foram utilizados para a amplificação de13 famílias, compostas de uma planta parental e oito progênies cada.