Embora a produção científica seja meta prioritária nas políticas públicas para a Pós-Graduação, a atividade profissional dos pós-graduandos envolverá sua atuação como docente. Os objetivos deste estudo foram investigar como ocorre a formação pedagógica dos docentes e pós-graduandos, e identificar a opinião da comunidade acadêmica dos Programas de Pós-Graduação em Fisiologia sobre a qualidade e importância dessa formação. Foram analisadas as respostas de 273 pós-graduandos, 89 docentes e 11 coordenadores a questionários eletrônicos. Os docentes consideram sua formação inicial boa, 67% participaram apenas uma vez ou não participaram de atividades de formação continuada e 95% dos docentes considera satisfatória sua atuação docente. As atividades de formação pedagógica dos pós-graduandos mais citadas foram estágios supervisionados, acompanhamento de professores em disciplinas e auxílio em aulas práticas. A avaliação positiva dos alunos sobre sua formação pedagógica cai de 78% no início do mestrado para 60% no final do doutorado. Conclui-se que a atividade docente e a formação pedagógica dos pós-graduandos parecem ser consideradas importantes, porém há pouca valorização da formação continuada dos docentes. É imprescindível que a comunidade acadêmica faça uma reflexão sobre as prioridades e objetivos da formação no âmbito da Pós-Graduação.