Resumo: Desastres naturais resultam em impactos na saúde das populações, danos aos estabelecimentos de saúde e, em situações extremas, colapso dos sistemas de saúde. Tendências nacionais e globais evidenciam o aumento da frequência dos desastres associados às mudanças climáticas. O objetivo deste artigo é analisar os impactos e custos econômicos dos desastres naturais sobre os estabelecimentos de saúde, identificando tipos mais frequentes e de maior custo, e distribuição no território nacional, tendo como base os dados registrados no Sistema Integrado de Informações sobre Desastres (S2ID) no período de 2000 a 2015. Foram sistematizados e analisados 15.950 registros, sendo que deste universo, em somente 29,4% das ocorrências havia registros de custos, totalizando quase R$ 4 bilhões. Os desastres climatológicos foram os mais recorrentes, mas não os responsáveis pelos custos mais expressivos. Na relação custos por evento, os desastres hidrológicos apresentaram custos 3,2 e 3,6 vezes maiores do que os meteorológicos e geológicos. Em relação ao custo total em milhões de reais nos estados, destacaram-se Pernambuco, Amazonas e Santa Catarina. Em relação ao custo por desastre em milhões de reais o destaque foi a Região Norte e em particular o Acre. Apesar das limitações deste estudo relacionadas à qualidade dos registros, os dados apresentados devem ser compreendidos como a ponta visível de um iceberg, pois os impactos e danos vão além dos econômicos, com impactos sobre a infraestrutura e recursos que servem de suporte aos serviços, comprometendo a capacidade de oferta exatamente quando a população mais necessita dos serviços de saúde.