O monitoramento clínico de pessoas vivendo com HIV/aids (PVHA) contribui para a identificação e gestão de caso das pessoas sem início de tratamento (gap), em falha terapêutica e em abandono de tratamento. O objetivo deste artigo é apresentar e discutir o desenvolvimento de uma metodologia para a implementação do monitoramento clínico das PVHA em serviços do Sistema Único de Saúde (SUS). A metodologia utilizada desde 2014 pelo Centro de Referência e Treinamento DST/AIDS-SP-Coordenação do Programa Estadual de IST/AIDS do Estado de São Paulo, Brasil, foi reestruturada em três reuniões, no período de junho a agosto de 2018. Foram mantidos os eixos de apresentação do número de usuários com falha terapêutica, em gap e em abandono de tratamento nos serviços participantes, e a discussão de vulnerabilidades individuais, sociais e programáticas. Foi adicionado um novo eixo que direciona a discussão das possibilidades de reorganização de fluxos assistenciais e práticas gerenciais do serviço. Adicionalmente, a intervenção passou a ser feita nos serviços de saúde, com a participação de um número maior de profissionais da equipe multiprofissional, discussão de casos, fluxos e processos de trabalho e encontros regionais para a troca de experiências em monitoramento clínico entre os serviços. A reestruturação da metodologia contribuiu para a diminuição do gap de tratamento, reorganização de fluxos assistenciais e inclusão do monitoramento clínico como ferramenta de gestão nos serviços de assistência especializada às PVHA. Essa metodologia pode ser implementada por outros programas estaduais, municípios e serviços, uma vez que todos têm acesso às mesmas fontes de informação usadas nesta intervenção.