Este estudo objetivou avaliar a incompletude dos registros de óbitos por esquistossomose no Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM) em Pernambuco, no período 2000-2014, e analisar o conhecimento médico sobre o preenchimento da declaração de óbito (DO). Os dados secundários foram obtidos por meio do SIM, e os primários pela avaliação dos médicos em hospitais públicos de Pernambuco. Foram avaliados os escores de incompletude e as variações percentuais (2000-2007, 2008-2014); e as frequências relativas do conhecimento médico sobre a DO. Em 2000-2014, ocorreram 2636 óbitos por esquistossomose em PE. Em 2000-2007, ‘endereço de residência’ obteve a maior incompletude. Em 2008-2014, ‘naturalidade’ demonstrou a pior incompletude. Dos 32 médicos, 71,9% referiram o não preenchimento de variáveis devido à ausência de informação sobre o paciente, 62,5% não participaram de curso sobre preenchimento da DO, 80,6% achavam o curso necessário. Obteve-se associação entre as causas de não preenchimento da DO e o desejo de capacitação. No período de estudo, ocorreu a redução da incompletude de variáveis importantes, mas houve um aumento expressivo da incompletude ‘naturalidade’, o que desvirtua as informações sobre a autoctonia do local onde ocorreu o caso. A justificativa dos médicos – falta informação para preencher a variável da DO – é inconsistente, por serem eles os responsáveis por captar as informações. Tais lacunas prejudicam o planejamento de ações e políticas públicas direcionadas ao controle da doença.