RESUMO A fabricação de queijo coalho artesanal elaborado com leite de cabra é composta pelas etapas de obtenção do leite, refrigeração, manipulação e armazenamento, que aumentam o risco de contaminação do produto. Objetivou-se neste estudo avaliar o nível de contaminação por Staphylococcus aureus em amostras de queijo coalho artesanal produzido com leite de cabra cru no estado de Pernambuco, Brasil, bem como avaliar a concordância entre a técnica oficial da Instrução Normativa nº62/2003 (Mapa) e a técnica molecular (gene nuc) para identificar S. aureus no queijo. Houve crescimento de colônias típicas de Staphylococcus aureus em 100% das amostras, e a contagem variou de 7,0×103 a 8,6×106 UFC/g. Das 30 amostras analisadas, 18 (60,0%) apresentaram valores superiores ou iguais a 105UFC/g, e 21 (70,0%) estavam contaminadas por S. aureus. A concordância entre os métodos de diagnóstico de S. aureus em queijo coalho caprino foi moderada. O nível de contaminação dos queijos revela a necessidade de ações de melhoria das condições de elaboração do produto, a fim de garantir um produto seguro aos consumidores.