A pesquisa sobre o aborto impõe grandes desafios, que são redobrados em contextos onde a prática é ilegal. As mulheres tendem a omitir a interrupção voluntária da gravidez ou declarar o aborto como espontâneo, o que resulta em subestimação da sua ocorrência. A pesquisa sobre o tema é imprescindível, por permitir estimativas de incidência do aborto e de suas complicações, e a identificação de demandas insatisfeitas e de grupos mais vulneráveis de modo a embasar ações e políticas de saúde. Neste artigo pretendeu-se descrever os principais desafios enfrentados, a partir de uma revisão de estudos originais sobre o tema e da reflexão das autoras com base na realização de pesquisas empíricas. Discute-se as dificuldades para obtenção da informação, as estratégias e técnicas utilizadas para aumentar a acurácia e a confiabilidade, seus limites e vantagens, e para estimativas de ocorrência do aborto e de suas complicações, com o uso de métodos diretos (entrevistas e extração de dados de prontuários) e indiretos (fontes de dados secundários de morbidade e mortalidade). Na investigação das complicações do aborto, aborda-se os estudos de mortalidade e morbidade enfatizando-se as especificidades dos abortos entre as causas obstétricas. São apontados os principais indicadores utilizados e aspectos metodológicos para sua construção. Recomendações são feitas para superar problemas metodológicos e realizar novos estudos. Em conclusão, a relevância da pesquisa sobre o aborto e a necessidade de abordagens para contemplar sua complexidade são reiteradas.