A água é um recurso vital que exerce importante papel para sociedade e meio ambiente. Entretanto, sua qualidade vem sofrendo prejuízos, devido o crescimento desordenado da população, acompanhada da urbanização. A poluição da água pode advim de origem química, física e biológica, em que o lançamento no corpo hídrico de qualquer tipo destes poluentes pode alterar características da água e do sedimento e consequentemente impactar a biota aquática. Com isso, este trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade da água da baía do Guajará por meio de medições dos parâmetros físico-químicos e microbiológico, conforme o período sazonal da chuva. As coletas ocorreram no ano de 2015, nos meses de março, junho, setembro e dezembro, correspondente ao período chuvoso e menos chuvoso da região amazônica. Nos períodos estudados, o volume precipitado foi acima da média das normais climatológicas no período chuvoso, e no período menos chuvoso foi abaixo da média. Nas análises química e microbiológica, as concentrações de nitrato, nitrito, cloreto e o pH, estão dentro do permitido pela Resolução do CONAMA nº357/05, classe II para águas doces. Entretanto, o parâmetro OD apresentou nos pontos PT01 CH (3,6 mg/L), PT02 CH (4,4 mg/L) e PT03 CH (4,1 mg/L), abaixo do permitido por essa resolução. Em todos os pontos a DBO (mínimo= 5,2 mg/L; máximo= 14,3 mg/L) constataram valores acima do limite de referência do CONAMA nº357/05, além de elevadas concentrações de DQO (mínimo=12,5mg/L; máximo= 27,3mg/L) e alta CE (mínimo= 86,4 uS/cm²; máximo= 573,4 uS/cm²). A DQO e OD apontaram uma forte correlação negativa, em que o aumento da DQO está ocasionando a diminuição do OD na baía do Guajará. Na análise de coliformes termotolerantes, com exceção do PT04 do período chuvoso e menos chuvoso, todos os pontos apresentaram valores acima do permitido pelo CONAMA nº357/05. O comportamento desses parâmetros é correspondente ao aumento da matéria orgânica apresentada na região. Devido às práticas portuárias frequente na área analisada, e a concentração urbana que despeja efluente, principalmente de origem doméstica, sem pré-tratamento na baía do Guajará, que é agravado pelo período chuvoso. Isso pode gerar danos irreversíveis para o ecossistema aquático, prejudicando também a população que utiliza esse corpo hídrico para práticas de pescas e/ou recreação.