A produção de mudas é um ponto crítico do sistema de produção de hortaliças. Devido a informações sobre o consumo de água pelas mudas, o planejamento da irrigação se torna ineficiente, fato que provoca perdas na qualidade das mudas. O objetivo do experimento foi testar o uso de hidrogel no substrato e determinar o manejo de irrigação adequado através de ferramentas de automatização do sistema de irrigação. O experimento foi conduzido em ambiente protegido na Universidade Federal de Viçosa. Foram produzidas mudas de tomate (Solanum lycopersicom) em bandejas de polietileno, preenchidas com substrato com e sem a presença de hidrogel. As mudas foram irrigadas com sistema de microaspersão, acionado a partir de um sistema automatizado. Os tratamentos de manejo de irrigação foram através da evapotranspiração da cultura (ETc), timer, 0.50 ETo e 1,00 ETo. Foram avaliados componentes de qualidade das mudas como altura, comprimento de raiz, diâmetro de colo, massa seca de raiz e parte aérea. O uso do hidrogel foi um diferencial para produção de mudas de tomate mais precoces, com maior altura final, maior diâmetro de colo, maior acúmulo de massa seca de parte aérea, maior área de projeção da copa e maior a taxa de crescimento relativo de parte aérea. Na presença do hidrogel o manejo 0.50 ETo favoreceu maiores plantas, com colo mais fino e menor massa seca de parte aérea.