As intoxicações alimentares ocorrem devido a multiplicação de microrganismos patogênicos em diferentes tipos de alimentos, sendo o queijo um dos principais relacionados com essa enfermidade. A indústria adota as Boas Práticas de Fabricação (BPF), que consistem em um sistema de controle de qualidade, que visa garantir a segurança alimentar. Quando a produção do queijo ocorre de forma artesanal, nem sempre são observadas as BPF e os controles higiênico-sanitários recomendados, colocando em risco a saúde do consumidor. O objetivo deste estudo foi verificar a presença de Escherichia coli e bactérias do gênero Staphylococcus em queijos tipo Minas Frescal, comercializados em feiras livres e supermercados do Oeste do Paraná. Foram analisadas quinze amostras de queijos, sendo seis amostras formais/industrializadas, e nove oriundas de produtores informais/artesanais. Foi possível observar que 86,66% das amostras se apresentaram acima do valor estabelecido para coliformes termotolerantes, e 73,33% do total das amostras se mostraram contaminadas com E. coli (sete amostras de produtores informais e quatro das amostras de produtores formais). Duas amostras formais e cinco amostras informais se apresentaram acima dos limites de contaminação por Staphylococcus estabelecidos pela RDC n° 12 da ANVISA, classificadas como impróprios para o consumo humano. Estes resultados evidenciam possíveis falhas no controle de qualidade, falta de condições higiênico-sanitárias durante as etapas de produção, e/ou após o processamento, por meio do manuseio inadequado, tratamento térmico ineficiente, refrigeração insuficiente, ou uso de leite de má qualidade.