Resumo Os objetivos desta pesquisa foram identificar bactérias isoladas da cavidade oral e da ampola retal de Saimiri collinsi e Callithrix jacchus e determinar a sensibilidade a 16 antimicrobianos. Trinta indivíduos de cada espécie foram analisados e foram isoladas 136 bactérias em C. jacchus e 84 em S. collinsi. As bactérias isoladas em maior número em S. collinsi foram Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Enterobacter cloacae, Raoutella ornithinolytica, Staphylococcus xylosus e Proteus mirabilis. As bactérias isoladas em C. jacchus foram K. pneumoniae, E. cloacae, E. coli, Serratia marcescens e S. xylosus na cavidade oral e ampola retal. O teste de sensibilidade mostrou que, dentre as cepas isoladas, os maiores percentuais de resistência foram observados para ampicilina, amoxicilina, cefalotina e nitrofurantoína. Na cavidade oral de ambas as espécies as cepas foram sensíveis à ceftazidima, ceftriaxona, meropenem, amicacina, levofloxacina e a sulfametoxazol/trimetoprim. Na ampola retal, as isoladas foram sensíveis à cefoxitina, ceftazidima, ceftriaxona, ertapenem, meropenem, amicacina e levofloxacina. Conclui-se que as espécies de S. collinsi e C. jacchus apresentam sua microbiota oral e retal composta por várias espécies bacterianas e que a resistência pode ser um problema no criatório, uma vez que as cepas mostraram percentuais elevados de resistência a diferentes antimicrobianos.