RESUMO: Objetivo: Analisar as tendências das taxas de incidência da intoxicação por agrotóxicos nas regiões brasileiras, de acordo com sexo e circunstância da intoxicação, no período de 2001 a 2014. Método: Estudo de séries temporais, com dados do Sistema de Informação de Agravos de Notificação (SINAN). As taxas de incidência foram calculadas por meio da razão entre o número de casos novos confirmados de intoxicações por agrotóxicos e a população residente no mesmo período e local. Foram realizados análise de regressão polinomial e testes de Mann-Whitney e Kruskal-Wallis. Quando encontradas diferenças significativas, os testes foram seguidos pela penalização de Bonferroni com a finalidade de identificar onde residia a diferença. Resultados: No Brasil, foram registrados 80.069 casos de intoxicação nesse período. Houve um crescimento linear de notificações de intoxicação por agrotóxico, cuja taxa de tendência de crescimento encontrada foi de 0,377 por 100 mil habitantes/ano. As regiões Sul e Centro-Oeste apresentam as maiores taxas de intoxicação. Em relação ao sexo, não foram encontradas diferenças significativas (p < 0,347), sendo a tentativa de suicídio a circunstância de intoxicação mais significativa (p < 0,001). Conclusão: A incidência de intoxicação por agrotóxico no Brasil segue em aumento no século XXI.