La industria láctea en el Ecuador, en respuesta a la demanda social por productos de calidad, implementa programas de control que exigen una mayor aplicación de análisis de laboratorios. Entre ellos, el conteo total de bacterias (CBT), como parámetro de la calidad higiénica en leche cruda es uno de los más requeridos. Sin embargo, el método de referencia por conteo en placas presenta algunas limitaciones, principalmente en cuanto tiempo de entrega de resultados. La citometría de flujo es un método analítico rápido que permite el conteo de poblaciones bacterianas a través del Conteo Individual de Bacterias (IBC/ml). El objetivo del presente estudio fue determinar la ecuación de regresión lineal entre el método de referencia y el método alternativo por citometría de flujo. Fueron utilizadas 357 muestras de leche con rangos entre 100.000 a 1,5 millones de UFC/ml provenientes de dos pisos altitudinales: Zona 1 (Z1) (>3000 msnm) y Zona 2 (Z2) (1050 msnm). Los resultados mostraron una alta correlación entre los métodos (r = 0,91). Fue definida la ecuación lineal para la curva de calibración del Bactoscan FC para el conteo total de bacterias con expresión de resultados en UFC/ml. Al no encontrar diferencias estadísticas significativas, el efecto por zonas (Z1 y Z2) no fue considerado, sugiriendo el uso de una única ecuación.