Se evaluó la variación morfológica de Heterophrynus boterorum con relación a su distribución geográfica, comparando poblaciones de la vertiente oriental y occidental de la cordillera Central y una población de la cordillera Oriental de los Andes, en los departamentos de Tolima y Quindío, Colombia. Mediante técnicas de estadística univariada y multivariada, (ACP, ANOVA y Kruskal-Wallis), se compararon poblaciones presentes en municipios de ambas vertientes y cordilleras. Se encontró variación entre poblaciones en 15 de 33 caracteres morfológicos examinados. La mayor variación se encontró en el tamaño de palpos, número de espinas y tubérculos. La población del municipio de Lérida se diferenció notablemente de las demás poblaciones del análisis. El resto de poblaciones formaron un grupo morfológico con amplia variabilidad, principalmente en tamaño. Heterophrynus boterorum podría considerarse como modelo de estudio para el efecto del gradiente ambiental y altitudinal de los Andes en la diversificación morfológica de los Amblypygi.