Objetivo. Aislar, identificar y caracterizar molecularmente aislamientos de Cryptococcus patógenos humanos a partir de muestras ambientales y clínicas de la ciudad de Cúcuta. Materiales y métodos. Se recolectaron 1300 muestras de 446 árboles de 10 especies diferentes, en 10 zonas públicas de Cúcuta. Concomitantemente, se obtuvieron aislados clínicos de Cryptococcus sp (junio de 2016-junio de 2017). Se realizó cultivo en agar semillas de Guizottia abysinica, posterior identificación bioquímica y caracterización genética mediante PCR-huella Digital y RFLP-URA5 Resultados. Se determinó prevalencia ambiental para C. neoformans de 4,3 % (19 individuos positivos) y C. gattii de 0,2 % (1 individuo positivo), para un total de 20 árboles positivos y 21 aislados (dos de un mismo individuo). El parque Santander registró el 47,6 % de la prevalencia global (10 / 21 aislados), seguido del parque La Victoria con 23,8 % (5/21 aislados), correspondientes a C. neoformans. Se obtuvo un aislado de C gattiien un individuo Ficus benjamina del parque Mercedes Ábrego. El análisis genotípico reveló presencia de C. neoformans var. grubii VNI en el 85,7% de los aislados ambientales, así como en el 100% de los clínicos, seguido de VNII y VGII en 9,5% y 4,8% de los aislados ambientales, respectivamente. Conclusión. El muestreo longitudinal de nichos ambientales con reporte previo del hongo revela su persistencia, requiriéndose de estudio permanente y búsqueda activa en pacientes, especialmente en zonas consideradas endémicas