Introdução e Objetivo: A qualidade de vida de vida e seus domínios - físico, psicológico, relações sociais e ambiente - definidos pela World Health Organization Quality of Life (Whoqol) é importante atributo no curso de medicina e pode ser afetada, prejudicando os estudantes ao longo da graduação. Nesse sentido, o objetivo deste estudo é comparar a percepção de qualidade de vida dos estudantes no início e término do curso de medicina (primeiro e sexto anos, respectivamente), discutir os fatores que podem influenciá-la e propor medidas para melhorá-la. Método: Estudo transversal realizado com alunos do primeiro e sexto ano de medicina da EPM-UNIFESP nas turmas de 2017 e 2018, por meio de questionário Whoqol-bref online em plataforma REDCAP. A análise estatística dos dados se deu por meio de software “OpenEpi” e Microsoft Excel. Resultados: Os resultados apontaram escores regulares a baixos para todos os domínios avaliados em ambos os anos, com o domínio psicológico apresentando menor pontuação tanto em 2017 quanto em 2018 para o primeiro e sexto anos. Não foram encontradas diferenças estatísticas significantes entre os domínios avaliados do primeiro e do sexto ano (p>0,05) em 2017, porém nas turmas do ano de 2018 foram encontradas diferenças significativas (p<0,05) dadas por menores valores apresentados pelo sexto ano em comparação ao primeiro. Discussão e Conclusão: evidenciou-se neste estudo resultados medianos e baixos para todos os domínios avaliados, principalmente o psicológico, tanto no início quanto no término do curso de medicina, com importante impacto na saúde mental dos estudantes. Fatores que englobam o ingresso na instituição, o modelo de ensino do curso e as características do sexto ano podem afetar a qualidade de vida desses estudantes. Medidas individuais e institucionais são necessárias para que se obtenham melhoras na percepção de qualidade de vida.