A palmeira Acrocomia spp, também conhecida como bocaiuva, tem sido explorada de forma extrativista por agricultores de subsistência que vivem na área de ocorrência, gerando fonte de renda e a valorização dos frutos nativos. A bocaiuva é de difícil despolpa, então este estudo tem como objetivo comparar as propriedades químicas e o perfil lipídico das farinhas de bocaiuva despolpadas de forma manual e mecânica. Foram realizadas as análises químicas: umidade, cinzas, lipídios, proteínas, carboidratos e fibras. Os ácidos graxos foram determinados por cromatografia gasosa. Todos os parâmetros químicos diferiram estatisticamente entre as duas farinhas, exceto os valores de proteínas. Os valores de umidade, cinzas e carboidratos foram superiores na farinha da polpa extraída de forma mecânica. Maiores teores de lipídios, fibras e calorias foram encontrados na farinha de despolpa manual. O perfil de ácidos graxos saturados dos óleos da polpa de bocaiuva extraída pelos diferentes métodos foi o mesmo (23%), dos quais o ácido palmítico foi o componente majoritário. Os ácidos graxos poli- e insaturados reduziram na farinha de extração mecânica. Em conclusão, a farinha de bocaiuva obtida de forma manual apresentou maior valor nutricional, presença de ácidos graxos poli- e insaturados.