Resumo O objetivo deste artigo é analisar se um método de intervenção formativa contribui para que os profissionais de atividades colaborativas formem uma compreensão histórica dos problemas enfrentados em crises interinstitucionais e criem soluções para essas situações. Apresentamos o método Laboratório de Mudança (LM), inspirado na Teoria da Atividade Histórico-Cultural (TAHC). Ele é ilustrado com um caso empírico de intervenção na qual foi identificada a gênese histórica e as contradições que levaram à crise entre uma universidade pública e um centro de saúde escola. Para o estudo foram utilizados dados obtidos a partir de registros efetuados ao longo da intervenção, entre 2013 e 2015, assim como entrevistas e comentários dos participantes. Como resultado, eles analisaram historicamente suas atividades e desenharam novos cenários de colaboração futura, visando uma solução para a crise, no âmbito de possíveis relações acadêmico-pedagógicas vinculadas ao Sistema Único de Saúde (SUS). A análise sugere a existência de contradições nos objetos das atividades de assistência à saúde e educação que podem estar no cerne da relação problemática entre outras instituições semelhantes que precisam desenvolver atividades colaborativamente. O LM, enquanto metodologia de intervenção formativa, integra diagnóstico, aprendizagem, protagonismo dos participantes e criação de soluções como parte de um mesmo processo.