Na agricultura orgânica um dos principais problemas fitossanitários é a ocorrência de nematoides Meloidogyne spp., os quais podem reduzir em até 100% da produtividade a depender da interação com a planta hospedeira. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da interação de micro-organismos do solo, do substrato de cultivo do cogumelo comestível Lentinula edodes e do biofertilizante Protector® NM no controle de Meloidogyne incognita em quiabeiro cultivado em uma propriedade orgânica. O delineamento experimental utilizado foi inteiramente ao acaso composto por cinco tratamentos (controle - sem inoculação fúngica, sem fertilizante; Protector® NM – sem inoculação fúngica + fertilizante; dois isolados fúngicos de L. edodes (LED): LED-AJU1, LED-CHI e pela mistura de LED-CHI + Penicillium spp.) distribuídos em três blocos com 11 plantas por tratamento e por bloco. O controle do M. incognita pelo fungo L. edodes é influenciado pela colonização micorrízica, a depender da interação microbiana. A colonização do quiabeiro por fungos DSE não interfere no controle de M. incognita pelos isolados de L. edodes e o emprego do biofertilizante Protector® NM, mas influência na colonização por FMAs nativos a depender da interação. O biofertilizante Protector® NM e o isolado LED-CHI+Penicillium apresentam potencial no controle de M. incognita. A interação entre FMAs nativos e o isolado LED-CHI apresenta potencial no controle do nematoide M. incognita, o que representa uma alternativa para agricultura orgânica.