A região BoLA (Bovine Lymphocyte Antigen) tem recebido atenção por seus alelos terem ação sobre funções imunológicas e características de produção. O presente estudo teve por objetivo a identificação e associação dos polimorfismos do gene BoLA-DRB3.2 em 145 vacas leiteiras 5/8 Girolando e Holandês, em rebanhos de referência no Estado de Pernambuco. Identificaram-se 39 alelos com frequências alélicas variando entre 0,42 e 15,97 %, sendo os alelos mais frequentes 0101 (6,13 %), R (14,11 %) e 1101 (14,72 %). Verificaram-se valores baixos de similaridade, demonstrando maior variabilidade genética entre os animais. A estimativa de distância entre os rebanhos Holandês e 5/8 Girolando, foi de 0,075. A heterozigosidade observada (Ho) apresentou valores menores que a heterozigosidade esperada (He). Observou-se um elevado polimorfismo do gene BoLA-DRB3.2 para os rebanhos estudados e um elevado número de alelos que desempenharam efeitos positivos na produção de leite, com destaque para os alelos 16 e 0101.