RESUMO Objetivo Avaliar Comissões de Controle de Infecção Hospitalar quanto aos indicadores de estrutura e processo dos Programas de Controle de Infecção Hospitalar. Método Estudo transversal e descritivo, realizado com Comissões de hospitais registrados no Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde. A coleta de dados primários e secundários foi realizada por meio de entrevista estruturada, utilizando-se de instrumentos validados e verificação de documentos, respectivamente. Resultados Participaram da pesquisa 14 Comissões. Evidenciaram-se médias de conformidade de 80,58% para o indicador de avaliação da estrutura técnico-operacional, 60,77% para o indicador das diretrizes operacionais de prevenção e controle de infecção, 81,59% para o indicador de avaliação do sistema de vigilância epidemiológica e 63,44% para o indicador de avaliação das atividades de controle e prevenção de infecção hospitalar. Conclusão Entre os quatro instrumentos aplicados para a avaliação dos Programas de Controle de Infecção Hospitalar, apenas dois deles apresentaram resultado superior a 80,0% de conformidade, os relativos às avaliações da estrutura técnico-operacional e à vigilância epidemiológica.