Here we present the results of a geoarchaeological study, undertaken in Upper Egypt, in the western part of the Karnak Temple and in Coptos. The geoarchaeological approach helps to better understand the fluvial dynamics of the Nile River in the close vicinity of these two Pharaonic sites, 35 km apart. Our investigation focused on i) a jetty discovered by the archaeologists of the Supreme Council of Antiquities (SCA) in front of the first pylon at Karnak and ii) the remains of Ancient Coptos, an important site from Predynastic to Roman times. We studied several stratigraphic profiles, manual boreholes (maximum depth of 5.5 m) and percussion drillings (maximum depth of 25 m). Sedimentological and magnetic susceptibility analyses help to characterise Nile River deposits and to identify the presence of aeolian deposits (associated with wadi fan deposits) in the lower part of the boreholes at both Karnak and Coptos. The data clearly indicate the continuous occupation of the Nile River around the sites during a part of the Dynastic period. Fluvial dynamics characterised by flood events, sandy accretions and thick Nile silty-clayed deposits are presented and discussed here for subsequent palaeoenvironmental reconstruction. Accurate levelling of the different profiles and boreholes, together with a topographic survey allow us to recover long sedimentological sequences and to correlate the different sedimentary units. Finally, in order to obtain a chronostratigraphic sequence, radiocarbon dates were obtained from wood, charcoal and ash samples (analyses undertaken at the laboratory of radiocarbon dating of IFAO, Cairo, Egypt). For Karnak, the presence of the Nile River in front of the first pylon in Karnak is attested from ca. 1450 BC until ca. AD 350 (from the beginning of the 18th dynasty until the end of Roman times), with a probable early flowing activity during the second part of the Middle Kingdom (1994-1650 BC) and the Second Intermediate Period (1650-1550 BC). The construction of a Geographic Information System (GIS) including the borehole results and the integration of Shuttle Radar Topography Mission data (SRTM), with the superimposition of False Colour Composition of a LANDSAT ETM+ image, helped to obtain a spatial interpretation of the results. ; Cet article présente des résultats majeurs pour la compréhension de l’évolution spatio-temporelle du Nil en Haute Égypte, en s’appuyant sur une étude géoarchéologique inédite menée sur les sites pharaoniques de Karnak (secteur situé à l’ouest du premier pylône) et de Coptos, distants de 35 km. Notre étude se concentre d’une part sur le quai fluvial de Karnak, récemment mis au jour par le Conseil Suprême des Antiquités et situé en avant du premier pylône, et d’autre part sur les vestiges du site de Coptos, occupé depuis le Prédynastique jusqu’à l’époque romaine. La méthode employée comprend l’analyse de plusieurs coupes stratigraphiques, de carottages réalisés à l’aide d’une tarière à main (profondeur maximale : 5,5 m) et de forages d’une profondeur de 25 m (réalisés uniquement à Karnak), atteignant ainsi une altitude d’environ 55 m au-dessus du niveau moyen de la mer. Les analyses sédimentologiques comprennent des granulométries, réalisées par méthode de tamisage à sec pour la fraction comprise entre 20 et 2000 µm, et des mesures de susceptibilité magnétique dont le but est de déterminer la provenance des sédiments et de caractériser les alluvions nilotiques et les dépôts autochtones (wadis et sédiments éoliens). L’analyse des 300 échantillons prélevés à Karnak et à Coptos atteste de manière indiscutable l’écoulement du Nil à proximité immédiate des sites de Coptos et de Karnak pendant une partie de la période dynastique. La dynamique fluviale est caractérisée par l’alternance de phases de crue (importantes accumulations de sables moyens à grossiers) et de calme hydrologique (accumulation de limons fins et d’argiles à forte teneur en matière organique). La mise en contexte topographique des données stratigraphiques sur les deux sites étudiés a permis de corréler les informations sédimentologiques, ainsi que certaines unités sédimentaires bien identifiées. La réalisation pionnière de datations par le radiocarbone, au laboratoire de l’IFAO, sur des échantillons de bois, de charbons et de cendres prélevés à Karnak, a permis l’obtention de séquences chronostratigraphiques précises. Ainsi, l’écoulement du Nil au pied du premier pylône a été daté entre environ 1450 av. J.-C. et 350 apr. J.-C. (i.e., entre le début de la XVIIIe dynastie et la fin de l’époque romaine). Cependant, il est probable que le fleuve s’écoulait déjà par intermittence au pied du temple d’Amon dès la seconde moitié du Moyen Empire (1994-1650 av. J.-C.) et plus sûrement pendant la Seconde période intermédiaire (1650-1550 av. J.-C.). La mise en place d’un Système d’Information Géographique (SIG) intégrant l’ensemble des données paléoenvironnementales et numériques, de type Shuttle Radar Topography Mission (SRTM) et imagerie satellitaire (composition colorée d’une image LANDSAT ETM+), a favorisé une interprétation spatiale de la dynamique hydrologique dans les environs des sites pharaoniques de Karnak et de Coptos.