Especies reactivas del oxígeno (ROS) están presentes en todos los organismos aeróbicos, pero los procesos de deterioro de semillas pueden aumentar su producción. El estrés oxidativo causado por el aumento de ROS endógeno puede causar un daño irreparable a las células, que conduce a la pérdida de viabilidad de la semilla. Teniendo en cuenta que la enzima superóxido dismutasa (SOD) compone el primer mecanismo de defensa antioxidante enzimática, este estudio tuvo por objetivo evaluar los embriones cigóticos de semillas recalcitrantes de Araucaria angustifolia durante el almacenamiento los cambios en la actividad de SOD. Además, algunas alteraciones importantes derivadas de estrés oxidativo, como la peroxidación lipídica y los cambios en las proteínas y la integridad del DNA también se evaluaron. Aproximadamente 7 000 semillas fueron cosechadas de una población en el sur de Brasil y almacenadas durante 180 días en el laboratorio (L), refrigeración (R) y congelamiento (F). El análisis de la peroxidación de lípidos a través de los niveles de TBARS, actividad de la SOD, perfil proteico por separación electroforética e integridad del DNA genómico se realizaron a los 0, 60, 120 y 180 días de almacenamiento. Los resultados revelaron un aumento de la peroxidación lipídica y de la actividad de la SOD, especialmente durante el almacenamiento en L, una condición en la que hubo una extensa degradación de las proteínas. Algunas proteínas (45, 32 y 31 kDa) se expresaron sólo en embriones almacenados en condiciones R y F. No se observaron daños en la integridad del DNA nuclear para el período de almacenamiento de semillas en condiciones R y F. Las muestras F mantienen las características bioquímicas analizadas durante todo el período de almacenamiento, con la excepción del perfil de proteínas. Sin embargo, tales cambios son limitantes para el mantenimiento de la viabilidad de la semilla. En conclusión, el almacenamiento en refrigeración puede ser indicado para retrasar las alteraciones metabólicas que se producen cuando las semillas están expuestas a condiciones de ambiente natural después de la cosecha, que extiende el período de conservación de las semillas de A. angustifolia.