A infecção por algumas espécies ou genótipos de Cryptosporidium representa um risco em potencial para a saúde pública, principalmente por causa de morbidade e mortalidade em crianças de zero a cinco anos de idade e em pacientes imunodeprimidos. Embora existam alguns relatos de infecção por Cryptosporidium em animais de companhia, sua participação na epidemiologia da criptosporidiose humana é incerta, e a literatura sobre esse tema ainda é bastante escassa. O objetivo deste estudo foi determinar a ocorrência e realizar a classificação molecular deCryptosporidium spp. em amostras fecais de animais exóticos criados como animais de estimação no Brasil. Um total de 386 amostras de seis espécies de animais foi colhido e armazenado em solução de dicromato de potássio 5% a 4°C. Os oocistos foram purificados por centrífugo-sedimentação em água/éter, seguindo-se a extração de DNA genômico e a realização da nested PCR para amplificação de fragmento parcial do gene da subunidade 18S do rRNA. Positividade para Cryptosporidium spp. foi observada em 11,40% (44/386) das amostras. O sequenciamento de fragmentos amplificados permitiu a identificação de Cryptosporidium tyzzeri em camundongos,Cryptosporidium muris em camundongos, hamster e chinchila, Cryptosporidium parvum em chinchila, Cryptosporidium genótipo hamster em hamstere Cryptosporidium sp. em porquinho-da-índia. Os resultados deste estudo mostram que há uma variedade de espécies de Cryptosporidium presentes em animais exóticos de companhia no Brasil. Os dados sugerem que esses animais podem participar da epidemiologia da criptosporidiose humana, particularmente por seu estreito convívio.