Reprodutores com espermograma normal podem se comportar como subférteis ou passarem por períodos de subfertilidade. As alterações na cromatina dos espermatozóides são possíveis explicações encontradas para tais comportamentos. Conduziu-se este trabalho, com o objetivo de testar a eficiência de azul de toluidina (AT) e do alaranjado de acridina (AA) na identificação de alterações na compactação de cromatina em espermatozóides de ovinos e caprinos, além de avaliar a correlação entre essas alterações e as de morfologia espermática. Para tal, foram avaliadas amostras de sêmen de 15 ovinos e de 15 caprinos, com dez repetições para cada método por animal. Calcularam-se a média, o desvio padrão (DP) e o coeficiente de variação (CV) para cada técnica e animal. Utilizou-se o teste t-Student para avaliar diferença entre as médias obtidas nos dois métodos. Também foram calculados a correlação de Pearson e os coeficientes kappa ponderado e não ponderado para avaliar a concordância entre os métodos com AT e AA. Foi verificado que nem sempre as anomalias morfológicas de cabeça são acompanhadas por alterações na cromatina identificáveis pelos métodos utilizados neste trabalho. O método AT é mais estável e possui maior sensibilidade do que AA para ambas as espécies, sendo o mais indicado para caprinos. Contudo, em razão de apresentar repetibilidade muito baixa, ambos os métodos não são indicados para avaliação espermática em ovinos.