Resumo A pandemia da COVID-19 exigiu a reestruturação dos modelos educacionais nas universidades, incluindo a rápida transição para o ensino remoto. Realizamos uma pesquisa qualitativa com o objetivo de compreender a percepção de professores universitários sobre os efeitos da pandemia da COVID-19 para a rotina de trabalho e para a saúde dos docentes de uma universidade pública no estado de São Paulo. Foram realizadas entrevistas semiestruturadas com 17 docentes de cursos de graduação das ciências humanas, biológicas e exatas, entre agosto e setembro de 2020. As entrevistas foram gravadas e transcritas na íntegra. Da análise de conteúdo, quatro categorias temáticas emergiram: (1) mudanças na rotina de trabalho e seus impactos, incluindo a adaptação ao trabalho remoto e dificuldade em estabelecer limites entre trabalho e rotina pessoal; (2) alterações na dinâmica entre professor/alunos e possibilidade de repensar a prática docente; (3) relação dos docentes com a universidade, o processo de tomada de decisões, suporte para a transição ao ensino remoto e preocupações com a qualidade do ensino; e (4) angústias e medos relacionamos à pandemia que se somaram aos estressores do trabalho. Os resultados ressaltam a necessidade de ações direcionadas à gestão educacional, às dinâmicas comunicacionais e à saúde mental.