Foram criados mesocosmos de lagoa para avaliação do efeito de glifosato a organismos não alvo, quando utilizado para o controle de Eichhornia crassipes (Mart.) Solms (1883) e Salvinia sp., macrófitas aquáticas flutuantes. Foi utilizada a formulação comercial Roundup Original®. Avaliou-se o efeito sobre bactérias por meio de ensaios de determinação de coliformes totais, Escherichia coli e contagem de bactérias heterotróficas; sobre fitoplâncton e perifíton; e sobre caramujos e peixes. Ocorreram flutuações na comunidade bacteriana com rápido reestabelecimento, sem consequências consideráveis para a qualidade da água, por não causar alterações na comunidade geral, nem de patógenos. O fitoplâncton e perifíton apresentaram redução da riqueza de espécies e diversidade de Shannon, elevação da densidade de organismos, porém não significativas e alterações na abundância relativa das famílias das espécies. Os peixes e caramujos ficaram por aproximadamente vinte dias sem reproduzir, a partir de quando voltaram a reproduzir e crescer. Os experimentos foram conduzidos com cobertura total de macrófitas no espelho d’água e mostraram que é possível o uso da formulação em ambientes com crescimento descontrolado de macrófitas aquáticas flutuantes, na concentração testada e com controle do processo de aspersão, sem causar efeito significativo aos organismos não alvo avaliados. As alterações não significativas podem ser potencializadas com o uso recorrente de herbicidas, além da possibilidade de seleção de espécies resistentes dos organismos alvo.