Analizamos la variación temporal de los grupos funcionales basados en la morfología del fitoplancton (GFBM) en el sistema inundable de Ayapel a través de la comparación de dos muestreos previos realizados entre los 2005 y 2007 y uno nuevo hecho en el 2015. Se estimó el biovolumen (mm3.l-1) y los rasgos morfológicos como volumen, relación superficie/volumen (S/V) y dimensión linear máxima (DLM). El análisis temporal fue realizado acorde con los niveles de precipitación pluvial, y mediante un análisis de agrupamiento se definieron dos períodos previos (época seca y época de transición) y uno nuevo correspondiente al año 2015 (msENSO: época seca con influencia ENSO). En las épocas seca y de transición, el grupo predominante fue el GFBM III con altas DLM (108.77 µm) y relaciones S/V (1.44 µm), mientras que en el msENSO se observaron bajos biovolumenes (0.016 mm3.l-1) y la predominancia del GFBM V. La comparación de la morfología funcional entre los años evidenció la transición de formas filamentosas a formas flageladas del fitoplancton, permitiéndole un mejor ajuste ante las presiones ambientales del área de estudio.