Microalgae oil has been identified as a reliable resource for biodiesel production due to its high lipid productivity and potential cultivation in non-fertile locations. However, high scale production of microalgae based biodiesel depends on the optimization of the entire process to be economically feasible. The present work combine the optimization of microalgae downstream processes with computational tools for the modeling of different scenarios of the harvesting, oil extraction and transesterification with data obtained at pilot scale. This approach detects process bottlenecks that could have led to an overestimation of the potentiality of the microalgae lipids as a resource for the biodiesel production. Reduction of the cultivation step is mandatory to consider the microalgae-based biodiesel competitive with respect to the fossil diesels. The required biodiesel market price for the best alternative assessed is $5700 per MT where only the biomass production (cultivation/harvesting) is responsible of the 65% of the cost. ; Durante las últimas décadas, se ha prestado mucha atención a la producción de biodiesel a partir de microalgas (alta productividad y contenido lipídico). Sin embargo la viabilidad de su producción depende del proceso global y la optimización de cada una de las etapas del proceso. El presente trabajo combina una serie de propuestas de optimización de los procesos post-cultivos demostrados a escala piloto (concentración mediante filtración-dinámica y extracción/transesterificación directa de lípidos) y herramientas computacionales para detectar posibles sobre-estimaciones en la capacidad de las microalgas como fuente de producción de biodiesel. Según caso-base es necesaria la reducción de inversión inicial del proceso de producción de biomasa, (cultivo y concentrado) responsables del 65% del costo (5700$/MT) de producción de biodiesel a partir de microalgas para que el proceso sea económicamente viable.